《塞尔达传说 幻影沙漏》由曾经负责开发《塞尔达传说四支剑》的开发小组制作，该小组本来是为NDS开发一款《四支剑》系列的续作，然而在策划过程中却发现《塞尔达传说风之杖》的风格似乎更适合NDS，可以说《幻影沙漏》的创作灵感来自于《风之杖》。本作的故事发生在《风之杖》故事结束的数月后，林克、泰特拉（Tetra）和海盗们为了探求新的大陆而出海。不久他们发现了一艘笼罩在迷雾之中的遇难船只，泰特拉只身前去调查结果遭遇危险，而想要营救泰特拉的林克却坠落海中。林克漂流到一座神秘的岛屿，在海浪声以及精灵的鸣叫中苏醒过来。于是，林克在妖精的帮助下，向着泰特拉出事的那片海域出发……本作的关键词为 “时之沙”，基本流程是：“打倒魔物、得到时之沙、延长迷宫探险时间、在迷宫中得到航海图，到新的岛去探险。”游戏将可以全程使用NDS的触控笔来完成，跳跃、行走、攻击、推石像等等，全部一只笔可以完成。