有著大棵萬葉櫻的本丸，正處於白雪覆蓋之際──。刀劍男士大和守安定和加州清光聊起往事。當時有把刀接到時之政府的指令，被派遣到他們這個本丸，自稱為名刀山姥切的本歌，名叫“山姥切長義”。
山姥切長義對自己的仿作“山姥切國廣”擺出挑釁的態度，山姥切國廣對他的想法也很複雜。加州清光察覺他們倆的心結，一心想要幫助夥伴；大和守安定看出加州清光的堅強意志，於是向他提出一個建議。
另一方面，本丸突然接到來電，這次的特命是去調查“歷史被改變，被放棄的世界”。出陣的目的地是幕府末期，文久三年的土佐。身為坂本龍馬佩刀的陸奧守吉行擔任隊長，五名刀劍男士動身前往歷史被改變的土佐。然而那處的街道景象，和陸奧守吉行所知道的土佐完全不同。一夥人和先行前往調查的肥前忠廣和南海太郎朝尊會合，然後四處奔走，討伐改變歷史的主謀。