故事发生在地球大战的40年之后，将结合全新的人物与迷友们熟知多年的老人物一起，从全新的角度来讲述一段新的变形金刚的故事。
博派与狂派均已解散并回到了塞伯坦。擎天柱与威震天的时代结束后，如今的塞伯坦进入了三人执政时期。然而，一项古代科技成了新的威胁， 这股力量能够将多名变形金刚组合为一个身形巨大的、更具威胁力的形态——组合金刚。谁将挺身而出面对这一威胁，以保护四百万年后来之不易的脆弱和平呢？

在这部变形金刚宇宙的起源故事中，博派与狂派掀起一场血腥内战，他们的星球因而饱受战火摧残，两位经典人物亦从中崛起，领导群雄厮杀对抗。

震天尊夺走了领导模块和和合之谜，其下一步的目的是曾经封印了宇宙大帝的神器——镇魂枪。一支由威震天、风刃、感知器和凯旋女神带领的队伍试图比震天尊更早找到镇魂枪，之后守护镇魂枪的巨无霸擎天圣和机器恐龙钢锁也加入了队伍。众人逐渐发觉了震天尊的可怕计划，他企图利用全体变形金刚的火种来复活自己曾经的爱人——赛天骄。与此同时，宇宙大帝的手下霸王和被混乱模块附身的毁天士也加入了抢夺领导模块的混战。