舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。
“想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。

故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴 配音）、高仓晶马（木村良平 配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（ 荒川美穂 配音）。
有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？

美丽可爱的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救读初中的女孩，她学业平平，任性娇弱，俨然是生活在大都会普普通通的女孩子们中的平凡一员。可是，在遇到了那只会说话的小猫露娜之后，月野的人生发生天翻地覆的变化。她不仅可以变身成为拥有神奇能力的水手月亮，还渐渐知晓了自己前世今生的秘密。为了保卫地球，挫败黑暗帝国的野心，月野和水野亚美（久川绫 配音）、火野丽（富泽美智惠 配音）、木野真琴（篠原惠美 配音）、爱野美奈子（深见梨加 配音）等人结成美少女战士，与罪恶展开了连番激战，在此过程中，她与命中注定的爱人地场卫（古谷彻 配音）的浪漫恋情也悄然上演……
本片根据漫画家武内直子的经典同名原著改编。

小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。首先被心魔袭击的人就是小丽，其它战士想救她，但这次的敌人太强，众人不敌。突然有两位神秘的新战士出现，消灭心魔，她们的目的也是找寻心能水晶。小兔和小卫的爱产生了新的月棱镜，小兔获得更强大的新力量，对抗逼近的新敌人。阿兔她们认识了两个读无限学园高中一年级的新朋友 -- 打扮像男生的天才赛车手天王遥和高贵优雅的小提琴家海王满，众人都被她俩的风采迷倒了。神秘的新战士正式登场，原来是水手服战士水手天王星和水手海王星，不过她们的力量比内部战士强，而作战方式也很不同。转眼来到六月，小兔的生日到了，她想要一对玻璃鞋作生日礼物，小卫竟然不知道小兔快生日了，气得小兔掴了他一记耳光。在众人的提点下，小卫跑去买了那对玻璃鞋，小兔也去找小卫道歉。两人在街上相遇，小卫替小兔穿上玻璃鞋，心魔却在此时出现，要夺走小兔的纯真之心。混乱中，敌人嘉安莉兰特拾到小兔的月棱镜，知道小兔的真正身份，她捉住夜礼服假面，要胁小兔。小兔来到东京铁塔，为救小卫正准备交出纯真之心，水手天王星和水手海王星出现救了她。嘉安莉兰特揭穿小兔就是水手月亮，众人正惊讶，水手金星假扮水手月亮和其余战士出现，骗倒嘉安莉兰特。嘉安莉兰特攻击水手天王星和水手海王星，水手月亮说服大家齐心协力，拯救她们两人，终于战胜了嘉安莉兰特。
小小兔从未来回到现代，说是新倩妮迪女王要她来这里修炼。内部战士中，现在只剩美奈子从未成为心魔目标，她为了证明自己也拥有纯真之心，于是不断捐血，希望成为心魔目标。她的举动令众人担心不已，连小遥和小满也留意着她。终于心魔出现，取出美奈子的内心结晶，有惊人意志的美奈子竟然抱着自己的内心结晶跑到无人的地下停车场，小兔、小遥和小满追着她来到停车场，然后心魔就把各出入口封闭了。阿兔为救美奈子，被逼在敌人尤迪爱和小遥、小满面前变身，不过她仍不敌心魔。眼看美奈子的内心结晶要被拿走，小遥和小满也忍不住变身，成为水手天王星和水手海王星，救回美奈子。其它战士已到门外，尤迪爱以美奈子的性命作要胁，正要攻击时，美奈子也变身了，于是所有人的身份都暴露了。尤迪爱找到拥有心能水晶的人，于是约小遥和小满到水上大教堂。教堂内，尤迪爱捉住水手海王星，把她打到重伤，并取出她的内心结晶，第一粒塔利斯曼出现，再变成深海镜，水手海王星倒下。水手天王星把自己的塔利斯曼--宇宙剑取出，交给赶到的水手月亮后，也倒下了。尤迪爱抢走深海镜和宇宙剑，并攻击水手月亮。神秘女子冥王雪奈突然出现，变身成水手冥王星，用第三粒心能水晶 -- 权杖上的宝石拿回宇宙剑和深海镜，塔利斯曼再次回到水手天王星和水手海王星的身体，三人的力量令圣杯出现。水手月亮和尤迪爱去抢圣杯，水手月亮夺得圣杯，进行二段变身，轻易就打败了尤迪爱。
敌人和外部战士都发现水手月亮不是救世主，于是外部三战士的新任务就是要找出救世主。战士们认识了土萌萤，她是无限学园教授土萌创一的女儿，身体不好。土萌教授其实是死亡变种的高级干部，而无限学园就是死亡变种的大本营。小萤的身体好像有另一个人一样，常常不受控制，说出一些奇怪的话，又拥有医治创伤的神秘力量。小小兔和小萤非常要好，内部战士们也赞成她们做朋友，只是外部战士对小萤的力量存有怀疑。在一次战斗中，心魔的攻击打中小萤，小萤的额头上出现土星标记，证实了她就是毁灭战士水手土星。外部战士怕她会毁灭世界，想阻止她觉醒，但已经太迟了，她的身体已被死亡变种占据，吞下了小小兔的内心结晶后，变成了女主人9。一连串的事件，指出了无限学园就是死亡变种总部，众人于是向无限学园进发，迎战逼近的黑暗……

天上欧蒂娜是一位穿着男生制服的性格少女。年幼时为一位王子所救，由于心怀憧憬而期望自己能成为王子。
入读凤学园之后，欧蒂娜因为特立独行的作风而受到校方责难，但同时也成为了众人目光的焦点。这样的欧蒂娜遇到了被称为“蔷薇的新娘”的柔弱少女姬宫安希，同情安希的遭遇而决定保护她的欧蒂娜，被卷入了学生会争夺“改革世界的力量”的一系列决斗中，向“世界的尽头”发起挑战。

少女革命的原作是以幾原邦彦为首的原创团队ビーパパス（Bepapas），团队成员包括榎户洋司、さいとうちほ(斋藤千穗)、長谷川眞也、小黒祐一郎等人。有些人以为由斋藤千穗执笔的漫画是《少女革命》的原作，这其实是误解，实际上少女漫画家出身的斋藤与幾原就《少女革命》的主题意见相左，这一点在漫画版《少女革命》中亦有所体现。而《少女革命》的TV动画由于其隐晦深刻的内涵和独特的世界观而与EVA、机动战舰并称为OTAKU三大经典。

"　　魔界树篇
自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人……
黑月帝国篇
神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"

就读于贵族名校——都会学院的少女藤之宫千岁（宫千岁）高傲蛮横，但在父亲过世后，藤之宫家的企业也随之破产，财产流失殆尽，留给千岁的只有一条会飞的粉红金鱼金比（小豆豆）。此后她被迫离开都会学院，来到一所即将拆除的乡下学校就读。
转校当天，千岁发现家族律师田中山（田大山）扣起了父亲数百万的财产，于是灰姑娘陡然暴富。但她恨透了都会学院学生会长由莉香（管萍香）的嘴脸，遂决定重见这所乡村中学。在此期间，她结识了华美子（娃娃）、葵彦（夏天葵）、秀一（林秀山）、不良牛歪歪等一班奇奇怪怪却心地善良的好朋友，他们之间发生了无数有趣的事情……

　　打扮成男子模样的少女天上欧蒂娜因为某个原因而转学到贵族学校·凤学园，在那里，她遇到了被称为“蔷薇的新娘”的美丽少女姬宫安希，从而被卷入了一场以争夺“蔷薇的新娘”为目标的决斗游戏。

　　剧场版并非TV版的续篇，所有设定都作了大幅度变更。监督几原邦彦在制作剧场版时，对于电影的本质深思熟虑许久，针对TV和剧场的特性，减少突发演出的场面，希望让观众更容易理解作品的意涵。画面比TV版更华丽且超乎现实，但是相对地，故事更现实而残酷。
　　剧场版探讨到少年与大人、梦想与现实的冲突。编剧榎户洋司言道：「这是根据青春的价值观作出的作品。」所谓青春并不是多么愉快的事物，但其中仍有无可取代的快乐，所以才觉得怀念。榎户秉持这份对青春的价值观，创造令人为之动容的剧情。
　　剧场版中，欧蒂娜小时後不曾遇见过王子，想成为王子是由于其他更强烈的理由，男装打扮也比TV版更为彻底，只有在决斗时才会把头发放下回复成长发，动作和语气也显得更男孩子气。另一位女主角安希的造型则变成长直发，不戴眼镜。性格变得极其开朗活泼……另外，安希与晓生兄妹之间的关系，也变得更为悲壮残酷。
　　剧场版中依然充斥无所不在的「王子」符号。桐生冬芽是欧蒂娜的王子，树璃被学校里的女学生们称为王子，枝织的儿时玩伴是王子，凤晓生是被魔女封印的蔷薇的王子，主角欧蒂娜也想要成为王子。然而，不论「曾经是王子」或「想变成王子」，都不是真正的王子，王子的涵意究竟为何？而身为被王子保护的存在的柔弱的「公主」，又要如何独力面对现实的世界，进行「少女革命」？

宇宙中的一场爆炸让地球上的熊类发生了暴走，身强体壮的熊类很快就让人类伤亡惨重，一场旷日持久的人熊之战就此拉开序幕。为了生存，人类建起了高耸的墙壁，将熊隔离在了墙壁之外。然而，他们并不知道的是，在这个世界上，危险的并不仅仅是那些凶猛强壮的野兽们。
岚丘学园学院中，来了两名转校生，她们是百合城银子（荒川美穂 配音）和百合咲露露（生田善子 配音），表面上看来，她们只是柔软可爱的女孩子，然而，两人的真实身份，竟然是可以化身成为人类的熊。外冷内热的椿辉红羽（山根希美 配音）、外柔内刚的泉乃纯花（小仓唯 配音）、善良开朗的百合园蜜子（悠木碧 配音），在百合城银子和百合咲露露的眼中，她们都是散发着香味的猎物。

故事主要回忆太阳系内部战士以及Sailor Moon的觉醒背景。

故事简介:
有一晚，豆钉兔在梦中来到一个森林，在森林中的湖上，她见到纯白色、有角和翼的独角天马。日全蚀的那一天，一座神秘的马戏团从天而降。之后不久，一班专门袭击拥有美丽梦想的敌人出现了，他们是阿玛逊三重奏 -- 老虎眼、秃鹰眼、美鱼眼。敌人的目的是要找寻躲藏在某人美丽梦想之内的独角天马。因为圣杯在上次大战中被毁，Sailormoon现在无法变身成SuperSailormoon，面对力量比她强的敌人，显得束手无策。SailorChibimoon很想要新的力量，此时独角天马出现，用它头上的黄金水晶，赐予Sailormoon和SailorChibimoon新力量，使她们变成SuperSailormoon和SailorChibimoon，守护大家的梦想。SuperSailormoon的新必杀技虽然强劲，但每次都必须由SailorChibimoon呼唤独角马，才可以借助黄金水晶的力量，和敌人战斗。小猫戴安娜是露娜和阿提密斯未来的女儿，也自未来回到豆钉兔的身边帮助她。豆钉兔对独角马说想和它做朋友，于是独角马的影像就在豆钉兔房内一个水晶球上出现，晚晚和豆钉兔倾谈。内部四战士也得到独角马的力量，变成了SuperSailorMercury、SuperSailorMars、SuperSailorJupiter和SuperSailorVenus，更得到新的必杀技。阿玛逊三重奏原来不是真正的人类，他们只是借魔法球的力量变成人的形态。士乐科亚把那个魔法球交给他们，说只要有独角马和那个魔法球，他们就可以变成真正的人。三人终于发现独角马就在豆钉兔的梦想之内，并捉了她。阿兔被士乐科亚误以为是独角马的宿主，派了阿玛逊四重奏 -- 贝贝、奏奏、直直、拍拍的手下出击，打碎了阿兔的梦想之镜，并追杀阿玛逊三重奏。阿玛逊三重奏自知不敌，把他们的生命之源魔法球用来救阿兔，三人各自变回动物死了。最后独角马把他们变成人，给予他们梦想之镜，带他们回到梦想森林。
阿玛逊四重奏是四个小女孩，她们贪玩，常常不听士乐科亚的命令。独角马的真正身份原来是守护梦想世界的少年 -- 艾里斯，梦想世界被敌人死亡月亮入侵，他自己也被捉住，他的灵魂逃出来，变成独角马，找寻能使用黄金水晶的人。死亡月亮的女王纳美妮亚一直活在黑暗的镜中世界，因为她怕光，为了要出来现实世界，她开始大规模袭击人类。战士们知道了敌人在死亡月亮马戏团，正要入内时独角马出现。它说死亡月亮是由被人们遗弃的梦想的力量造成的。就在它对战士们说话期间，纳美妮亚发现豆钉兔就是它的宿主，于是捉了豆钉兔。贪玩的四重奏把SailorChibimoon换走，更火烧独角马，SailorChibimoon不顾危险救它，四重奏被他们感动了。士乐科亚为了增强力量，吸收四重奏的能量，四重奏唯一能逃脱的方法，就是把她们的魔法球扔掉。不过扔掉魔法球，她们就不能永远做小孩子，终于她们扔掉魔法球，回复自由。另一方面，纳美妮亚终于得到黄金水晶，死亡月亮马戏团发生强烈震荡。阿玛逊四重奏悄悄换走黄金水晶，并交给SuperSailormoon，可惜因为人类梦想力量不够，使她用不到黄金水晶的力量。SailorChibimoon请世界上拥有美丽梦想的人借出力量，打败了纳美妮亚。纳美妮亚悄悄捉住SailorChibimoon，连同死亡月亮马戏团一起飞上天，SuperSailormoon发现追去。纳美妮亚把SailorChibimoon从高空扔下，SuperSailormoon也跟着她跳了下去...

这是一个关于某家兄妹、突如其来的企鹅，以及这个世界的过去与未来的故事——为了拯救患病妹妹阳毬的性命，高仓家的双胞胎兄弟冠叶与晶马听从神秘企鹅帽的命令寻找“企鹅罐”；与此同时，坚信自身命运并不断重现日记内容的荻野目苹果、试图夺取日记以引导新命运的夏芽真砂子，以及为了找回命运之人而行动的多蕗桂树与时笼由里，众人皆为了各自的命运与挚爱而不断追逐着“企鹅罐”。那之后过了十年，曾经登上改变命运列车的冠叶与晶马，从命运的终点短暂归来……在神秘企鹅宝宝的指引下，两人抵达了一座被巨大书架填满的不可思议图书馆。“欢迎，命运的孩子们！”书架突然分开，头戴企鹅帽的少女现身于二人面前；这位自称图书馆管理员的荻野目桃果指着“那是你们的故事”，并将一本书连同“重要的使命”授予二人：“以此告知终将成就自我的你们，去寻找自己该做的事，拯救这个世界吧！”究竟冠叶与晶马将会发现什么……！？

天上欧蒂娜（川上伦子 配音）从小就失去了父母，某日，她遇见了一位英俊的王子，王子交给了欧蒂娜一枚戒指，告诉她这枚戒指或许能够使他们在遥远的未来再次相遇。王子英俊的身姿和温柔的话语在欧蒂娜的内心留下了深刻的印象，她希望自己最终也能如此优雅。 在戒指的指引下，欧蒂娜进入了凤学园就读，在这里，流行着名为一个王子游戏，在决斗中获胜的一方可以得到“蔷薇新娘”姬宫安茜（渊崎有里子 配音），成为她的支配者。西园寺荚一（草尾毅 饰）是安茜目前的主人，然而，欧蒂娜最终将他打败，得到了安茜，随着时间的推移，欧蒂娜和安茜之间产生了深厚的情义。

故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶、高仓晶马兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬。有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？

幾原邦彦所监督的原创动画，以高仓家的三兄妹——双子兄弟高仓冠叶和高仓晶马，以及体弱多病的妹妹高仓阳毬为中心展开的故事。
某天兄弟二人带着时日无多的妹妹去水族馆游玩，久未外出的阳毬在人群中忽然倒下气绝。之后在停尸间，在绝望的兄弟二人面前，死去的妹妹又突然戴着企鹅帽子站起来，大喊道“生存战略！”“妾身已为此女续命！”然而当企鹅帽子掉落时，阳毬又恢复成了平常的样子。
靠着不可思议的企鹅帽子，阳毬的生命得以延续。当戴着企鹅帽的阳毬再次出现时，她对高仓兄弟下令道：“去拿到企鹅罐！”