在2067年，地球濒临崩溃。在破坏环境和气候多年之后，人类付出了可怕的代价：森林，植物和野生动植物消失了，由于可用氧气的急剧减少，人类很快也将灭亡。
在这个灰暗的，垂死的世界中，人们通过口罩呼吸的合成的氧气生活，但是即使这样，也越来越多的人开始不适并且生病。在没有治愈方法的情况下，人类唯一可以的希望就是未来，希望在未来还人还活着并可以告诉他们如何拯救地球。这个时候全球领先的氧气供应商Chronicorp公司率先开展了这个研究项目。有一天，他们会收到来自未来400年的消息：“发送Ethan Whyte”。

《太空堡垒卡拉狄加：利刃》的剧情与2008年4月开播的第四季在情节上有极大地关联。它在两个故事中来回切换，分别是李·阿达玛领导下珀伽索斯的故事和海伦娜·该隐上将所领导的珀伽索斯在赛昂攻击之后发生的故事。同时，以回忆的形式向我们讲述了发生在第一次赛昂战争期间的一些鲜为人知的事情。