30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？

女高中生的漫画咖啡屋生活！

生活在秋田的高中生森田芽衣子，某一天竟被贵族学校「天宫女学院」选为特别插班生！

怀着对憧憬的东京校园生活的期待与不安，芽衣子踏上了前往东京的旅程——

然而，在那里等待着她的，竟然是一家名为「刺猬弹」的漫画咖啡屋！？

在这件兼作学生宿舍的漫画咖啡屋里，她将与个性十足的舍友们一起生活，还要以志愿服务的形式在店里工作！？

就这样，芽衣子在这仅有一榻榻米大的房间里，开始了有些许不可思议的漫画咖啡屋生活！