当他们的世界忍者的命运受到巨大威胁的挑战时，就由忍者来拯救世界：凯、杰、科尔、赞恩、劳埃德和尼娅。

400万年前，为了逃离战乱连年的塞博坦星，被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族驾驶宇宙船飞离了星球，然而，他们的太空船穿越时空之后，却坠落在地球上。
400万年后，一位名为雷德的地球少年和同学们不经意在太空船中发现了其中一架微型金刚，微型金刚复活的讯号也在同时传到了汽车人和霸天虎手上，为了争夺微型金刚，两军前往地球，并且继续在塞博坦星的战争......

After the events of Ninjago: Masters of Spinjitzu (2011), the ninja: Kai, Jay, Cole, Zane, Lloyd and Nya, face even greater threats who want to disturb the peace in the land of Ninjago.

“军队罪行调查部”的高级官员布伦纳（约翰·特拉沃夫塔 John Travolta 饰）和其助手森希尔（马德琳·斯托 Madeleine Stowe 饰）奉命36小时内调查清楚一起神秘的谋杀案，副总统的有力竞争者坎贝尔将军（詹姆斯·克伦威尔 James Cromwell 饰 ）的女儿伊丽莎白（莱斯利·斯蒂芬森 Leslie Stefanson 饰）在军事基地内被残忍杀害。随着调查深入，布伦纳发现曾就读于西点军校的伊丽莎白除了成绩优异、长相出众外在高中时还发生过一起不为人知的事情，与父亲的关系并不融洽，而坎贝尔将军也不像他所塑造的形象一样刚正不阿。在揭开事情真相的同时布伦纳也发现了许多军队中的秘密。最终，杀人凶手被惩治以法，事件得以平息。