在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……

大约在三千万年前，人类处于超古代文明时期，与来自宇宙的光之巨人们共存于地球上。奇杰拉花朵盛开，人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉，认为已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人类的选择，于是巨人把自己战斗的躯体隐藏在金字塔后，化作光离开了地球，回到了自己的故乡。邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临，超古代文明毁灭。

21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军也因此完成了历史使命，TPC（地球和平联合组织）成立，人类迎来了新的时代。但是，如超古代警卫团团长幽怜发来的时空胶囊所预言："哥尔赞"及"美尔巴"出现了。TPC下属的作战部队“胜利队”立即展开行动。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。两座巨石像被怪兽摧毁。在这紧要关头，继承了超古代战士的遗传因子，因此可以和金字塔的巨人石像结合在一起的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的石像内——迪迦奥特曼苏醒了。

ルポライターの浦上伸介(高嶋政伸)とカメラマンの前野美保(雛形あきこ)は、旅の取材で訪れた長崎で刺殺事件に遭遇、美保は現場から逃げ去る男の後ろ姿をカメラに収めた。被害者は長崎市内で輸入雑貨店を経営する山崎和幸と判明。打ちひしがれた家族を不憫に思った二人は、この殺人事件の真相を探るために長崎での取材を続けることにした。だが取材を進めていくうち、和幸に関係していた人物が相次いで不審死を遂げてしまう。

横浜・山下署の牟田刑事官（小林桂樹）は、公園に停められた車の中から、女の絞殺体が発見されたとの知らせに現場に急行する。殺された女は免許証から、伊藤まり子（葉山レイコ）という名だと判明。車の中には、『横溝日出子』名義のクレジットカードが落ちていた。そんな中、現場に不審な男が現れ、刑事たちと揉み合いになる。だが男は、本日付けで山下署に転勤になった岩城警部補（東幹久）だったのだ。岩城警部補とともにまり子のマンションに向かった中山刑事（増田由紀夫）は、彼女がマンションのオーナーで優雅な暮らしをしていたことを知る。だが、まり子の部屋からは手掛かりになるようなものは得られない。一方牟田は、横溝日出子（小林恵）なる女名義のクレットカードは２週間ほど前に盗難届けが出されていることを知る。また、日出子は転出届を出さないままに引っ越していることもわかった。やがて、日出子の父親・横溝博之（峰岸徹）の所在がわかる。権藤は市内の病院に入院中で、内縁の妻・内山春子（姿晴香）が付き添っていた。横溝によると、日出子は一時、森本（海部剛史）というホストに引っ掛かり、散々金を巻き上げられていたという。そして、森本から身を隠すため数年前から行方知れずになっているというのだ。横溝は、まり子という女にはまったく心当たりはないと断言。日出子は北海道にいるらしいという権藤の言葉が唯一の手掛かりといえた。そんな中、日出子が北海道にいるらしいと聞かされた岩城は、森本も最近北海道旅行にいっていたと言い出した。『ノアール』で、森本が土産に持ち帰ったマリモを見せられたというのだ。北海道でマリモを土産にしているのは阿寒湖だ。岩城は阿寒湖へと飛ぶが…。