When Gonzo's breakfast cereal tells him that he's the descendant of aliens from another planet, his attempts at extraterrestrial communication get him kidnapped by a secret government agency, prompting the Muppets to spring into action. It's hard to believe Gonzo's story at first, but Kermit and friends soon find themselves on an epic journey into outer space filled with plenty of intergalactic misadventures.

小青蛙克劳克和好朋友阿密特、高古斯生活在沼泽里，过着无忧无虑的生活。但克劳克一直向往外面的世界，他希望有一天可以离开沼泽到大千世界去看看。
一天三个好朋友遇到了蛤蟆布拉齐，他一直都瞧不起青蛙，总是找青蛙们的麻烦。这天他和胆小的高古斯扭打在一起，不知不觉来到了公路上，被宠物店老板看到，抓到了汽车上。克劳克和阿密特决定追踪汽车搭救朋友，但一转眼汽车就已经开得无影无踪，要如何才能救出朋友呢？
幸好遇到了被人遗弃的小狗，凭借它灵敏的嗅觉大家一路追踪到了宠物店。此时的高古斯和布拉齐在患难中已经成为了朋友，原本他们打算一起逃离宠物店，但听到别的动物向他们诉说做宠物的好处后，决定留下来尝试着做宠物青蛙。然而事情并不如他们想象的那么如意，克拉斯曼教授从宠物店买进了一批青蛙，作为生物课解剖对象，这其中就包括高古斯和布拉齐。
克劳克和阿密特来到学校，终于在实验室里找到了青蛙们。在克拉斯曼教授拿起手术刀的一刹那，青蛙们开口说话了！这不仅让学生们备感惊奇，更让克拉斯曼教授欣喜若狂。原来在克拉斯曼教授很小的时候，他就曾发现青蛙会说话，但却遭到周围人的嘲笑，为此他痛恨青蛙，并且希望借解剖青蛙证实自己的发现。如今他再次遇到了说话的青蛙，兴奋之余决定放掉青蛙们，让他们回到大自然。
青蛙们回到了沼泽，这次奇异之旅更让克劳克对外面的世界充满好奇，于是他离开家乡踏上了旅途……

在这个世界艾莫最喜欢的还是他那块蓝绒毛毯，他甚至发誓永不离开它。直到有一天，艾莫的好友佐伊看到他的毛毯，非常喜欢，向他讨要。艾莫当然一口回绝，谁知这时杀出个坐飞毯而来的凯莉一把从他们手中抢走毛毯飞向芝麻街。艾莫在大鸟的指引下在奥斯卡的垃圾箱中找到了挂在钉子上的毛毯，当他伸手去拽时，一股居大的引力将他吸到了另一个奇妙的世界……