意大利马切拉塔和中国北京，相距一万多公里，16世纪，这条漫长的道路上，出现了一个身影，他让隔绝已久的东西方获知了对方的消息，也因为他的来到，基督教在华传播开始一个新的历程。他有一个中文名字即利玛窦。影片《岩中花树》记录了利玛窦的来华宣教历程，他将福音的种子带到这片土地上的时候，同时也带来了当时世界先进的西方文明。

曾军、车条和王海祥是参加过对越自卫反击战的北京兵，也曾作为特种兵投身打击贩毒活动的残酷战斗中。血与火的拼命搏杀中，车条壮烈牺牲，王海祥的一条腿永远留在了前线。硝烟渐渐散去，身心布满创伤的曾军和王海祥退伍回到了熟悉而陌生的北京。十年岁月，使这个世界发生了翻天覆地的变化。习惯了战场硝烟的老兵，茫然迷失在追逐名利的都市丛林中。王海祥身无分文，被迫从战斗英雄变成了犯罪分子。车条的妹妹受金钱所迫，将身体出卖给大老板。曾军来到老战友的豪华酒店当保安，而种种世间的不公渐次激起他心中的愤怒……
本片根据史晨原的小说《黑色的梦》改编。