金田一一的祖父是名侦探金田一耕助，他本人则是以IQ超过180的头脑查明充满难解谜团的杀人案的天才高中生侦探。他与青梅竹马七濑美雪、警视厅搜查一课的剑持警部一起，揭露大胆细致的诡计，接近犯人们可悲的动机。