一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害，经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度，并可能引发全人类灭亡的核爆……

香陵高中即将迎来一年一度的学院祭，但在此前一段时间，校园内接连发生多起无法解释的怪异事件。恐慌的学生们认定这些都是幽灵所为，其中绪方志郎（大沢健 饰）、高品雄二（長澤ユキオ 饰）、内藤由美（島崎和歌子 饰）、万田梨花（山田久子 饰）、新城高史（磯崎洋介 饰）和九藤玲子（観月ありさ 饰）等六人更是组成专门研究灵体的EPS研究会。
似乎是与EPS的同仁作对，幽灵事件不断升级，甚至绪方等人更亲眼目睹幽灵（井上麻美 饰）真容。在此之后，继承了巫女血统的玲子召集众人举行降灵会，由此他们渐渐了解到幽灵出没的原因，而背后更深层的秘密也渐渐浮出水面……

哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……

远在人类文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後，现今日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋发掘来。其後三只史上最强大的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决，虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中，但人类的危机却并未解决，因为一颗超巨大的陨石将撞向地球…

とある日曜日の早朝、東昭物産常務の跡宮が何者かに誘拐されるという事件が発生した。目撃者の証言によれば、犯人グループは運転手の狭間も一緒に連れ去ったらしい。翌日、犯人は東昭物産に対し3億円の身代金と、その受け渡しのテレビ生中継を要求してきた。身代金の運び役には同じ東昭グループの東昭開発監査役・神崎が指名され、何十台ものテレビ・カメラと何百人もの報道陣が取り囲むなか、犯人はまるでゲームを楽しむかのように次々と場所を指定して、神崎を走らせる。3億円の入った30キロものバッグを運ばされた神崎は、やがて心筋梗塞の発作で倒れてしまった。後日、犯人は次の運び役に東昭銀行専務の山根を指名するが、彼もまた力尽きて途中で倒れる。犯人のやり口に激昂した警視庁のベテラン刑事・津波が、山根の身代わりとなって現金を運び、後輩の若手刑事・藤も彼の後を追った。だが、犯人が指定した新橋の喫茶店を出た後で、津波もまた力尽きてしまう。後を受け継いだ藤は、犯人の指示通り首都高速の非常駐車帯へバッグを置くが、犯人が姿を現さなかったにもかかわらず、バッグの中身はいつの間にかすり替えられていた。その後、26年前に地下水汚染で多数の死者が出た下加佐村のアキワ公害訴訟を担当した弁護士・折田が、誘拐の前日に跡宮と会っていたことが判明する。この裁判は住民側が敗訴し、産業廃棄物を不法投棄した企業は何の責任も問われていなかった。さらに、跡宮と神崎、山根の3人が当時、それぞれ産業廃棄物処理の関連会社の責任者だったこともわかる。吐血して入院した津波から捜査のアドバイスを受けた藤は、3億円をすりかえる唯一の機会が津波が寄った喫茶店だけであったことに気づく。アキワ公害訴訟を起こした住民名簿の中に当時入り婿して苗字の変わっていた津波の名前を発見した藤は、下加佐村の駐在だった津波がアキワの事件で妻と幼い息子を亡くしていたことをつきとめた。今回の誘拐事件は津波を中心とする下加佐村の元住民たちと折田が、下加佐村の悲劇を世に訴えるために起こしたものだったのである。運転手の狭間も、目撃者も、喫茶店のマスター夫婦も、みんな津波の計画に荷担した下加佐の人々だった。やがて彼らは全員自首し、跡宮も無事保護される。藤はダムの底に沈んだ下加佐村を望む湖畔で津波に手錠をかけた。時が流れ、藤は胃がんでこの世を去った津波の思いをかみしめる。

古代大和國誕下雙胞胎，古代傳說雙胞胎的二子是不祥物，被國師把二王子丟去山谷，但被天之白禽所救，並帶他到伊勢神社由巫女扶養他及由青龍玄武兩位傳授武學，少年時在好奇心驅使下到了禁地，海神賜勾玉给他作護身符，長大後，母親召他回國，但母親生了怪病，在探病時把彎玉交給他母親，但晚上母親就過世了，大王子看見彎玉，以為是二王子咒死母親，便找二王子報仇，但混戰中，二王子突然眼晴放出熱線，意外殺了大王子。
父王僧恨二王子便要他前往征服熊襲王，路上和青龍玄武一起，在神社巧遇命中註定的伴侶。於是又一起同行，但不幸弟橘到熊襲國做間碟時被捉住，成為了熊襲神的貢品,另一方面二王子打敗熊襲王後就與熊襲神打鬥救去弟橘，最後用熱線眼打敗熊襲神，獲得白禽之鏡。
返回國後，受養母要求下偷走天叢雲劍，途中再與弟橘一起，但國師居然出現，用咒術召喚海神殺死他們，弟橘眼見王子被海神拉到水底便不惜跳海救王子，王子救了，但弟橘被海神捉走，王子到處找弟橘，在沙灘上居然看到養母暈了，便背著她走了，怎料養母是師所扮，更在混戰中把王子殺了偷去天叢雲劍，負傷的國師將天叢雲劍傳到降臨在月亮的黑暗神後就死了變回牙齒。
當王子醒來時，居然回到年少時的禁地見牛頭大王，他們打鬥時，王子把石中蛇的韓鋤剣拔出，得到神劍，海神把弟橘復活,要他們打敗黑暗神拯救世界。兩人被送到月球，與黑暗神大戰，但不敵，後來用白禽之鏡提升彎玉力量才打敗，黑暗神只好現出真身，化為八歧大蛇在月面上暴走，天之白禽出現救了他們，但八歧大蛇太強，用火焰燒死白禽和他們，死後到了異空間，弟橘代為光包住王子，集合白禽之鏡和韓鋤剣竞變身成宇宙戰神，最後打敗八歧大蛇把他封印，他們便過著快樂日子。