1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。
与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。
一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

故事发生在炎热尚未散尽的夏末，大楼的废墟在月光的映照下显得更加阴森，近日来，不断的有少女来到此地，从楼上纵身跃下，等待着她们的，只有冰冷的死亡。她们彼此之间互不相识，生活轨迹没有任何交集，亦没有自杀的动机，这令社会和警方陷入了巨大的困惑之中。唯一知道真相的，是一位名叫苍崎澄子（本田贵子 配音）的年轻女子，而她的真实身份，竟是最高位的人偶师。
两仪式（坂本真绫 配音）开始着手调查这一连串的自杀事件，这位表面看来平凡无奇的和服女子，实际上是拥有“直死之魔眼”的厉害角色，在她的眼中，万物都被刻上了“死线”，只要沿着线切割下去，就能轻易的将其破坏殆尽。为了追查事件的真相，两仪式来到了废墟大楼，在那里等待着她的，不仅仅是阴谋，还有悲剧的初始。

　　我，明明并不想杀人的——
　　你，并不是那样的啊。
　　看到的瞬间注意到了。不，应该说是看到了。确信是敌人、或者不是而这样充满犹豫否定。
　　并不知道，存在于那里的是所谓自己的境界，却就这样跨越了。在不断被反复的凌辱中，少女只是投出她那无机质的视线而已。
　　让我们假设人的脑内有无数的频道，认定有一个为了适应现实生活而作为最大公约数的频道，那么恐怕大多数的人类都通过这样一个频道去注视这个世界、认知这个世界，所以才能达到共存。
　　但是，却有无论如何都无法与大家保持共存的异常频道，如果那样的频道存在的话——那已经是非人了，不，或许应该称之为“存在不适合者”。
　　并不是说所谓的不适合社会，而意为其存在本身就不适合。
　　或许这样应该称为“超能力者”才更为适合吧。
　　然后这是某一晚发生的事情。在饮酒会归来的下雨之夜，无论怎么看起来都很普通，却有能找到罕见东西才能的黑桐干也，在黑暗中拣到了一位孤身一人的少女。
　　关于“这个能力”，在自己并未注意到所想要寻找的对象时，在寻找之前便会出现……而关于这个事实他本人并不知道。
　　行踪不明的后辈。
　　无法相遇的妹妹与他的友人。
　　别说手足了，连头部都无法保持完整的，因切割而惨死的尸体在今天又增加了一个。
　　当各自只顾自己的方便而行事的话，最终只会到达一个结局——死斗。
　　夏天下雨之夜，瞳孔中映出能将全部都歪曲破坏的少女，与瞳孔中能看见全部之死线的少女，双方充满杀意的对峙。