一座古老的资本主义城市，天空晦暗阴霾，冰冷潮湿，大街小巷尽是让人绝望的气息，生活于此的人们仿佛行尸走肉，全然不知前进的未来与方向。在一座公寓内，私人侦探艾什（詹姆斯·阿诺德·泰勒James Arnold Taylor 配音）惆怅困顿，他的银行帐户已经空空如也，门厅寥落的他已经做好退出这一行的打算。正在此时，一通神秘电话打了进来，对方拟雇用艾什追查传奇黑客崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 配音）的踪迹。起出准备拒绝的艾什，看在巨额预付款的份上最终接受此案。
然而这并非一项简单的任务，此前已有三位侦探为此一死一疯一失踪，崔妮蒂的身份似乎关联一个天大的秘密，以及难以想象的危险……

《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

少年迈克·卡尔·帕伯（克雷顿·怀特森Clayton Watson 配音）近一段时间甚为困扰，他梦见自己从楼顶坠，坠落的过程，它能感受耳边的风声和气流的流动，能看到天空一瞬而过的飞鸟，一切的一切都无比真实，令他不禁产生“梦是真实，现实是梦”疑惑。清晨醒来，他通过网络漫无目的地求助，渴望有人能解答他的问题。终于有人回复了他，让迈克对现实的虚幻性更多了几分不确定。太阳高升，迈克照常上课，他的手机铃声突然响起，即使关机后也照响不误。听筒里传来了尼奥（基努·李维斯 Keanu Reeves 配音）的声音，尼奥告诉他，那些人已经知道迈克了知了虚拟世界的实相，正从四面八方向迈克奔来……

2071年的万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人惊叹的犯罪。高速公路上一辆油罐车爆炸了。事故发生现场的人们因不明原因病倒，死伤人数超过400人。这样大规模的杀人事件，似乎是不明来源的生物武器所为。为此，火星政府发布了3亿圆的赏金悬赏恐怖分子。目击事件的faye单独行动妄图独占赏金，艾德使用黑客技术找到线索，与Bebop号上的大家一起行动。四人一狗组合再次出动，但他们不知道，这3亿元的代价，是对抗前所未有的强大犯罪者。

2021年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。
史派克（Spike）和杰特（Jet）是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲（Faye）和电脑神童艾德（Ed），并收养了拥有高智商的数据狗爱因（Ein）。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

背景设定在不远的近未来，宇宙中有一位叫作丹迪的宇宙猎人，为了寻找各种未知的外星物种，与搭档旧型清扫机器人QT以及长得像猫的外星人喵一起在宇宙中到处冒险，并因此卷入一场场有趣的故事之中。

20世纪60年代，战后经历了大萧条和经济飞速的发展，日本全国上下涌动着一股躁动而狂热的气息。就在某一年的夏天，于时代似乎全然脱节的高中生西见薰默默地从横须贺转学来到了长崎县的一个普通小镇。他相貌俊朗，家境优渥，学业出众，并且弹得一手好琴，但是薰自幼无法与他人长久对视，否则就会心因性引起呕吐。在新的学校，他结识了开朗的班长迎律子及其青梅竹马——不良少年川渕千太郎。性格全然不同的三个青年男女，却因灵动自如的爵士乐走到了一起。爵士乐为他们的青春时代涂抹了浓厚而艳丽的色彩，也为少男少女们留下久久难忘的回忆……
本片根据小玉ユキ的同名漫画原著改编。

距离人类移居到新的基地火星已经过了50年。这个时代中大多数的文化均由AI创造，人类只需要享受即可。有一位女孩，在首都阿尔巴市努力生活，在工作之余的空闲时间努力成为一名音乐家，她总觉得缺少些什么。她的名字是Carole。有一位女孩，出生在赫舍尔市的富裕家庭，她的梦想是成为 一名音乐家，但是周围却没有人能够理解她的想法，她觉得自己是全世界最孤独的人。她的名字是Tuesday。
一个机遇促使两人相遇。她们希望歌唱。她们希望放声。如果是两个人一起的话，她们就觉得有机会能做到。她们也许只会掀起微小波澜，但这微小的波澜却可能会化作巨浪...

动画时间设定在[银翼杀手]、[银翼杀手2049]两部之间的2022年。
美国西海岸出现了原因不明的大规模停电，食品供应陷入危机。
全世界都在指责停电是因为复制人，于是法令禁止再造复制人。
为了拯救世界危机而出现的科学家华莱士(电影中由杰瑞德·莱托饰演)，开发了解决粮食困难的新生态系统，并开始着手研究新型复制。

著名动画制作公司STUDIO4℃的新作电影《GENIUS PARTY》，日前决定公映日为7月7日，放映剧场被安排在Cine Libre池袋、涩谷Cine Amuse等，日本全国依次预定展开。 《GENIUS PARTY》是由7个短篇组成的电影作品，福岛敦子、河森正治、木村真二、福山庸治、二村秀树、汤浅政明、渡边信一郎等人分别担任监督。 同时，音乐制片人由渡边信一郎先生担任。负责音乐的还有中川俊郎、山本精一、渡边琢磨、FENNESZ、竹村信和、菅野洋子等在娱乐领域一流的艺术家，这也让大家期待达到了前所未有的高度。 声优方面，在戛纳国际电影节获得最优秀奖的柳乐优也，凭借《巴别塔》被奥斯卡金像奖提名的菊池凛子，《蒙面超人响鬼》的栩原乐人、小仓久宽、三上博史等都将参加演出。 《GENIUS PARTY》的第2弹预定在2008年公开，同样仍将是由7位著名监督的短篇作品组成的形式。

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。
随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。
《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。

这是一个甜美却酸涩的青春爱情故事。男孩在搬家前一天，邀请曾经青梅竹马的女孩一起随便走走，女孩欣然答应。于是两人踏上了前往海边放烟花的旅程。电车上，男孩提起儿时他们之间的一个秘密——共同偷了一枚手榴弹。两人相约找个地方把它埋掉。男孩和女孩，一路上刺激地骑着偷来的自行车，又跟暴走族斗智斗勇。终于来到了海边时，烟花却没能放成。两人相互表白，可这注定是一段无疾而终的爱情。
最终，火车还是轰鸣地带着男孩去了远方。突然间在黑暗中，出现了一个熟悉的身影，两串璀璨的烟火。

或许能在真正的天空相遇……
1995年9月上映的《超时空要塞PLUS》电影版全长100分钟，基本上是以录像带版再编辑而成，可见录像带版的素质之高。它的空战镜头紧凑、画工精良，但最大的突破在于其大量引入电脑动画，在莎朗的演唱会几乎将电脑动画表现无遗。同时其所使用的配乐十分特殊，有点类似宗教的圣乐。在篇头的清唱版（Voices）配以青绿的风景，带给人无上的意境，就像在倾吐一段思念、一段无尽的心事一般。
第一个词语是梦想棗
从沉睡中，把我内心的秘密悄悄地带出来。
第二个词语是风棗
告诉我前方的路，让我摆动翅膀飞向上苍。
悲伤的往事，随着时光流逝，
金色的苹果又有一个掉下来……
在那遥远的地方，有我从未见过的景象，
那最终的归宿，正等待着第一个生命的造访。
在这月色幽静的夜晚，抱着将来能遇到的预感；
在这月色幽静的夜晚，把古老的魔法在心中咏唱。
You Can Fly
We Have Dreams；
We Can Tonch
Your Dreams；
Only Fly，So Far
To the Wind，In the Night。
第三个词语是……
侧耳倾听你温柔的话语，你的手臂为何颤抖　。
请你把它举起，
请勇敢的朝向我，把它向我开放。
碧蓝的天空下，是一望无垠的绿色草原，洁白的风车轻轻转动着，仿佛在侧耳倾听这支少女心底的歌。和着旋律，风翩翩起舞，两个少年踏着自制的人力滑翔机，像是要追逐风的脚步一样疾驰而过，借着一瞬的上升气流爬上了天际。绿发的少年摔倒在地
上，望着天空中的伙伴，露出了微笑，红发的少年全神贯注的凝视前方，与滑翔机一起溶入天空，投进风的怀抱，像一只展翅飞翔的翼手龙，徐徐飞向远方……
2013年4月，近距离移民船团开始依序出发，搜巡在太阳系周围100光年内的移民星球并定居。11月，在距太阳系11.7光年的恒星系中，发现了第一颗适合人类居住的行星命名为"伊甸"。
2040年，经过了近三十余年的星际殖民，地球棗天顶星联合政府已经控制了相当广大的星域，在为数众多的殖民地里，普罗多人的后裔们已经融合在了一起，微缩后的天顶星人与地球人杂居，经过两代的混血成为了一个种族。殖民地间偶有小规模的摩擦，也都大可以在控制范围以内得到调停。总体来说，社会已经进入了平稳发展的阶段，但是在那些边缘的地带，在那些尚未开发的星域里却也时常会有零星的战斗爆发。
在某个边缘的小行星带一个小队的变形战斗机正与一些天顶星逃兵冲突，此时的地球军早已将VF－11式战斗机作为凡用机来使用，比起从前的战机，VF－11无论是在性能还是火力上都有了质的飞跃，强大的火力配置可以在一瞬间毁灭整支部队。天顶星兵驾驶的则是POD的改进型PODⅡ，这是天顶星军中口碑相当不错的装甲，它的原型POD更是在第一次宇宙大战中出尽了风头，传说当年天顶星一级飞行员米丽娅就是乘着这种战机冲锋陷阵，所向披靡。但是再厚重的装甲也有被击穿的可能，再强大的火力瞄不准目标也是白搭，不管技术怎样革新，对于一架战机来说最重要的部件还是飞行员。在那些王牌机师面前，机种的优劣有时是可以忽略不记的，正因为如此，这场本来势均力敌的空中聚会被一架地球战机打乱了规矩，弄得乱七八糟。像是在表演杂技，这架VF－11不辞辛苦的做着各种高难动作，有意无意的避开一串串子弹，有时他会突然闯入队友的瞄准器里，抢先击落敌机，有时他竟敢隔着友机向敌人射击，它的子弹总能巧妙的避开同伙，击中敌人。尽管如此，面对这种大胆的做法，通讯回路里往往还是会响起同僚近乎于绝望的惨叫和类似于狂怒的谩骂，"勇，你这小子！回去后，我一定要亲手宰了你！"驾驶员对抗议充耳不闻，继续着自己的演出，所过之处，敌军和友军都乱作一团。
在将军的办公室里，勇遭到了严历的训斥，将军决定将这个屡教不改的飞行员调离部队，"疯子是不能留在战场上的，去做试飞员吧，那才是适合疯子的工作。""什么，要我去当试飞员？太谢谢你了舰长，我这就去报道。"红发的年青人竟然出乎意料的
感激，望着他兴奋的背影，舰长惊愕得一句话也说不出。
行星伊甸，是最早的移民星球，也是勇的故乡，自从2013年它被发现以来，数以亿计的移民来到这里开发建设。经过几十年的努力，拓荒者们依靠自己的双手建立起幸福的家园，伊甸也成为了殖民地中的佼佼者。沙漠中心座落着一个戒备森严的军事基地
，这里就是勇……F－11式服役的新机型，要求新机型性能上要比以前有较大的飞跃，甚至单机也可以进行超太空跳跃。通过投标，最后剩下的只有新星众工的YF－19和通用银河公司的YF－21，二者将在这里进行综合测试优胜者将获得项目，而勇就是YF－19的试飞员。门开了，一个身材魁梧的军人走了进来，青色的皮肤，绿色的头发，一看就知道具有天顶星人的血统。上校赶忙起身为两人介绍："中尉，这位是YF－21的试飞员，加鲁特这是勇戴逊中尉，他是刚刚来报道驾驶YF－1。"面对竞争对手，两人都是一愣。
测试工作是枯躁而紧张的，随时都会有生命危险，但勇的到来却使本来死气沉沉的基地，热闹起来。这个不守规矩的飞行员总是能带给大家意想不到的紧张状况，总是能在漫不经心中毁坏那些最精密的仪器，就拿他第一次上机来说吧，他以接近极限的速度回转，有时又突然关掉发动机令战机自由下落，所有的人都以为他在显示YF－19优异的性能，最后才发现他不过是想用航烟画一个翼手龙的涂鸦。这一系列疯狂的举动上校看在眼里却并不加以阻止，在他看来越是这样越能将机体的性能挖掘出来，既然连飞行员自己都不要命，自己又何必多事呢。将军的话不错，试飞员确实是适合疯子的工作。与勇形成鲜明的对比，加鲁特平日里少言寡语，行事稳重，与一般的飞机不同YF－21是采用最先进的脑控技术驱动，通过感应头盔将驾驶员的头部与飞机的操作系统相连，机翼由感受电磁波的记忆金属制成的，在允许范围内可以随驾驶员的意识而自由变形。当驾驶员坐上驾驶席后，他就与机体合为一体，必须杜绝杂念，全神贯注的飞行，也许是这个缘故，加鲁特经常被突发性的头痛困扰，有时还伴随有脑波紊乱的症状，但只有他自己清楚，造成这一切的是7年前的那件往事，罪魁祸首就是现在的竞争对手勇。
望着窗外的景色，美薇在逐渐理清思绪，7年了， 旧地重游的她比起当初已经成熟了许多，当年离开时还是个不谙世事一心要当大明星的小女孩，现如今做为莎朗……
摩托车的车灯照在两人的身上，坐在车上的是勇，他是带着机组的女同事露西出来兜风的，谁知会撞上这一幕，当勇看到美薇，他先是一愣，随即用嘲讽的口吻说："啊，这不是学园节的名星美薇小姐吗？什么时候成了加鲁特的女人？""你这小子！"加鲁特一把将他揪起来，"干吗，想打架吗？按老规矩！"，"住手！"美薇挡在两人之间，"七年了，为什么你们一点都没有变，住手吧，我已不是从前的我了，不值得你们这样做。"美薇哭着跑远了，加鲁特郑重的告诉勇："美薇和计划，我一样也不会让给你。"
几天后，勇、露西和YF－19的工程师杨诺文一道听了一场莎朗的音乐会，现场的气氛果然不同凡响，在音乐声中，莎朗的幻像忽隐忽现，行走在会场的各个角落，而莎朗似乎对勇特别感兴趣，在他身边转了好久才离去，当别人羡慕的望着勇时，坐在旁边的杨趁机用自己的"小发明"偷取了莎朗的感情程式。作为科研人员，再没有什么比人工智能更能吸引这位年轻的科学家了。而勇则陷入了迷惑之中，对这个幻觉的产物莎朗他并没有什么兴趣，但她的歌却有一种似曾相识的感觉，对了，有些像美薇的歌。
回到基地，杨发现萨朗的人工智能还远没有完成，而勇和加鲁特则接到了一段电话录音。录音说1个小时后， 演唱会现场将发生火情，美薇会遇到危险，勇认为是恶作剧没有加以理会，加鲁特则驾着车赶往现场。劳累的一天的美薇一个人在录音室里睡着了，醒来时发现自己被反锁在屋里，不知什么原因使电线短路，屋里起火了，美薇拼命的呼救，却没有人回答，浓烟中，加鲁特用肩膀撞开了房门，救出了美薇，萨朗的监视器在一旁默默的注视着两人离开。在加鲁特的寓所里，美薇苏醒过来，望着加鲁特身上的血迹，她不知道该说什么好，替加鲁特包扎好伤口，两人陷入良久的对视……
第二天早上，在基地的咖啡厅里，加鲁特告诉勇现在只剩下项目没分出胜负了。激愤之下，二人驾着战机在实验场上打了起来，不知为何枪里换上了实弹，勇的战机被击中，倒在了地上。
勇醒来时，发现自己躺在医院里，美薇正焦急的守候在床边，勇不愿像懦夫一样呆在床上，他带着美薇偷偷跑了出去。在树林里，两人回忆起小时候的往事："那时候，勇你骗我说水塘边有翼手龙的蛋，结果原来是三眼蛇的巢穴，幸好加鲁特带了枪……"美薇发觉失了言。两人在不经意间一直在回避加鲁特这个名字，但勇却并不在意，"是啊，聪明人就会带着枪，鲁莽的笨蛋就不同了，周全的办事永远都会被别人喜欢啊。"一只巨大的翼手龙从头顶飞过，两人不禁看出了神，"哈，你看到了吗？好大的一只呀。"，勇丢下美薇径自向前跑去，努力想要追上那天上飞翔的巨兽，望着他的背影，美薇喃喃地说"一点儿都没有改变。"
晚上，两人返回医院，看到了等在门口的露西和杨，此外还有愤怒的加鲁特。大雨中两个男人你一拳我一拳的打了起来，又是美薇阻止了两人，"不要打了，你们总是像傻瓜一样，不顾一切。可是我已经不值得你们这样。"美薇哭了，她告诉两人所谓莎朗艾普根本不能自己思考，是靠着与自己脑部相连而唱歌的，莎朗的歌就是她的歌。回到房中，杨惊奇的发现，存储在自己电脑中的感情程式竟然自动完成了，显示器上密密麻麻的都是勇的名字。
美薇走了，为了庆祝第一次宇宙大战胜利30周年，在地球要举行盛大的典礼，莎朗要在会上演歌助兴。在航空港，加鲁特前来为美薇送行，他把自己的护身符给了美薇，"一个星期后，项目就要最后决定了，那时我就去地球上接你，很久以来，一直有一种感觉，我似乎就是为了保护你而生的。"飞船上美薇打开了护身符，里面传出一阵熟悉的歌声"第一个词语是梦想……"这是她童年时爱唱的那首歌，美薇再也抑制不住自己的感情，泪水夺眶而出??
坏消息传来，军方一直秘密研制的"鬼魂X9"无人战机已经试制成功，并将在30周年大会上做现场表演，而YF－19和YF－21则被宣布终止研究。深夜，勇偷偷潜入机库，意外的发现杨也在这里，两人决定驾机去地球当着领导人们的面将鬼魂击败，以此证实YF－19的机能，由于YF-19能够单机进入跳跃状态，普通的战机是无法进行追捕的，米乔命令加鲁特驾驶YF－21去追击。"把你以前偷吃的午餐还我！""把你7年前借的CD还我！"两人一边翻旧帐一边在地球上空展开了最后的对决。缠斗中，加鲁特终于回忆起7年前失去理智的是自己，而不是勇。自己在事后失去了记忆，恢复理智后看到的是衣冠不整的美薇，所以一直认为勇是罪魁祸首。而美薇又不想让自己知道是他，才离开两人。
此时，在庆典典礼上，发生了意想不到的事情，莎朗自我有了知觉，原来是疯狂的研究员的马捷背地里开发了人格程式。莎朗开始行动了，她利用超时空要塞的中央电脑侵入了城市的各个系统中，在莎朗的歌声中所有的人都被催眠了。莎朗想要建立一个自己的王国，她将美薇关在了主控室里，并告诉美薇，它是从美薇这里获得了情感，火灾等一系列的事情都是它为了学习人类的感情而安排的。莎朗说出了美薇一直藏在心底的话，"我虽然爱加鲁特，但我更爱的人是勇，因为我爱她，所以我要击落他。你不明白做为飞行员，勇最大的梦想就是能在枪林弹雨中穿梭，飞行在生死一瞬之间，我可以满足他，你却没有这个能力。"在莎朗的操纵下，鬼怪向两人发起了攻击，YF－19和YF－21根本无法与其抗衡。加鲁特让勇先去救美薇，通过莎朗的话他已经明白了美薇的心意，但他一点儿也不后悔，他要用自己的全部去保护美薇。"勇，我先走一步了，照顾好美薇。"YF－21调过头去与鬼魂撞在了一起。悲奋的勇直扑超时空要塞，他要完成与死去朋友的约定，这也是他与自己的约定。YF－19自上而下，向一颗流星贯穿了超时空要塞的中心电脑室，莎朗的影象消失了，城市陷入一片黑暗之中。
清晨，美薇醒来，阳光透过打碎的天窗照射进来，一架孤独的战机在城市上空盘旋，像是在迎接新一天的到来。那是勇的战机，美薇露出了微笑，唱起了那支在心底埋藏已久的歌。

神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。
在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑龙族陷入战争的盖亚之所在。肩负着巨大的压力，瞳这才感受到生命的沉重，她同龙族的年轻国王邦（关智一 配音）并肩作战，誓要保护盖亚这片纯洁的土地。

故事背景设定在不远的近未来，地球人的活动空间已触及到茫茫的外太空。故事主人公是一名叫丹迪（诹访部顺一 配音）的宇宙猎人，同时也是有名的花花公子。他和他的搭档——旧型清洁机器人QT（佐武宇绮 配音）一起在宇宙中寻找各种未知的新型外星物种，如果外星人被认定为新品种，那么谁最早发现谁就能获得奖金。在一次追捕中，丹迪和QT遇到一个外形像猫的外星人，丹迪取其名为“喵”（吉野裕行 配音）。从此，丹迪、QT和喵一同在宇宙中到处冒险，并与各种各样的外星人相遇，卷入一场场有趣刺激的故事中。
本动画采用了“单元剧”的模式，使得这部动画像是一个舞台，各路人马各显神通。在展示的动画设计图中，有各式各样的外星人，监督表示动画播出时会每周推出一个外星人。

TV Tokyo播了12集后被砍，渡边不爽就做了这集吐槽
This clip show was created as the final episode when the show was briefly canceled because of violence in Japan. The episode was never released on DVD. The episode ends with the words: "This Is Not The End. You Will See The Real "Cowboy Bebop" Someday!"

一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。

平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印する。しかし、ゴクアークは封印される一瞬の隙を見て闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。
学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭鷹介、流崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして虎太郎たちは、呪いで犬になってしまった藤兵衛（ゴン）を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になったのである。
近所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が大魔界の秘密を記したという巻物には、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…？

如往常一样，旭日照耀下的大都会东京，突然发生了大规模的停电事故，继而威严耸立的都政厅发生大规模的爆炸。谁也不曾想到，这一切就是两名高中生所为。始作俑者九重新（石川界人 配音）和久见冬二（齐藤壮马 配音），童年时代曾因某个神秘计划相识，并经历了人生最初也最为刻骨铭心的记忆。不久前转学到东京的二人，通过网络发布恐怖袭击预告，肆无忌惮挑战警方的权威，而无意中在都政厅出现的同班同学三岛理沙（种崎敦美 配音），受命运的驱使成为他们的共犯。另一方面，因政治案件而被打入冷宫的警视厅搜查一课杰出刑警柴崎健次郎（咲野俊介 配音）最早觉察到预告视频和爆炸案的联系，在警署爆炸案之后，他被上司仓桥（手冢秀彰 配音）召回搜查一课。
警方很快得知一个惊人的消息，半年前青森核原料被劫案很可能与这两个神秘恐怖分子有关，东京危在旦夕……

勇、卡尔德和谬是从小在伊甸行星一起长大的老朋友。勇与卡尔德以航空事业为职志，谬则希望成为歌手。然而，当三人在高中毕业时，因为一次不预期的意外，使得三人就此各分东西。而谬也为此放弃了成为歌手的理想，成为一个现实的商人。 2040年，为了替换雷霆式战斗机，统合军方展开了一项名为超新星的计划，开发新一代的可变型战斗机。是时，卡尔德以通用银河公司的试飞主任的身分，于伊甸行星上的新爱德华基地负责YF-21的测试工作。已是统合军中尉的勇也在此时调返故乡，以试飞员的身分加入超新星计划，为另一竞争团队试飞YF-19。而成为夏浓之苹果经纪人的谬，则是为了公司的造势活动而回到伊甸。在不预期的机缘中，三人终于又同时回到故乡。这样的重逢，挑起了他们心中尘封已久的心结。在新仇加旧恨下，勇与卡尔德两人在超新星计划中开始了激烈的互角。 同时，统合军也正在进行一项秘密计划——开发取代有人飞机的无人战斗机鬼魂X-9，并将于第一次宇宙大战胜利纪念日发表。这一阴影，正要降临在超新星计划与两位主角的身上。这一次，他们将为过去的矛盾作出最后的总决算..........