柯伯特航空公司研制的全球第一架配备全自动驾驶系统的飞机投入试飞。如果试飞成功，柯伯特在美国私人航空，乃至整个军事领域的地位将无人可及。然而，飞机起飞不久自动驾驶控制系统就出现问题，导致飞机坠毁在西雅图郊区。柯伯特赶赴空难现场，毫不留情地将自动驾驶控制系统研发人加布里尔解雇。
六个月后，柯伯特航空公司研制的自控2号面世。新闻发布会上，柯伯特隆重推出自控2号飞行员瑞琪女士。他们与他的女儿、女婿、亲家约翰参议员，对自控2号广阔的市场前景，以及在军事领域的重要意义充满信心。自控2号十六小时后起飞，柯伯特派专人看守机库，没想到机库里迎来了前空军飞行员皮特这个不速之客。
皮特是保安队长耐德在空军服役时的战友、自控2号飞行员瑞琪女士的前夫。皮特正在戒酒，准备开办阳光沙滩包机公司。自控2号新闻发布会后，皮特与前妻瑞琪久别重逢。时隔半年，自控2号腾空而起，由西雅图飞往洛杉矶。飞机平稳升空，机舱里柯伯特、约翰参议员及一双儿女难掩心中喜悦。
飞机升至15000英尺高空时，瑞琪突然发现自动控制系统失灵，真正控制飞机的是自控2号以外的一个“幽灵”，自控2号随时都有机毁人亡的危险。与此同时，在西雅图一个居民区里，六个月前遭柯伯特解雇的加布里尔，正在家“悠闲”的操控着在15000英尺高空上的自控2号。
加布里尔的图像和声音出现在自控2号时，柯伯特意识到加布里尔在报复他。然而，瑞琪很快发现加布里尔的真正意图不在于钱。皮特闻讯赶到柯伯特航空公司地面控制中心。西雅图医院收治的一个不幸遭黑蜘蛛叮咬的女孩给了皮特找到加布里尔最后的机会。原来，那个名叫克莱尔的小女孩就是在加布里尔家不幸让澳洲黑蜘蛛叮咬的。
皮特赶到医院，从克莱尔的妈妈那里要来公寓地址，很快找到在家操控自控2号的加布里尔。皮特除掉了让仇恨扭曲灵魂的加布里尔，解除了加布里尔对自控2号的远程控制。在皮特的遥控指挥下，瑞琪镇定地驾驶着航油耗尽、发动机停机的自控2号。自控2号迫降成功，皮特带着惊魂未定的瑞琪离开西雅图机场，两人开始重温旧梦。

海豹突击队一行六人执行抓捕大毒枭卡林多的任务，一切进行得十分顺利。但队员们不知道，弗雷克是内奸。他早已通知卡林多此次行动，海豹突击队遭到伏击，造成两名成员牺牲。尽管在卧底维丽的帮助下，海豹突击队抓住了卡林多，却让弗雷克逃脱。
海豹突击队队长迈克决定重返卡林多的豪宅抓住弗雷德为死去的弟兄报仇，并把他们的遗体带回来，却遭到上司鲍尔斯的反对，迈克为此退出海豹突击队。但维丽却支持他，因为她还要找回价值不菲的宝石——这是她一年多来在卡林多身边做卧底的目的。在迈克和维丽的劝说下，迈克的老战友罗易也同意加入这场战斗。
就在迈克他们决定前往卡林多的豪宅时，弗雷克劫持了全美体操队的队员，并向政府提出用卡林多交换的条件。为了救出体操队员政府决定将卡林多释放。想到牺牲的两名队友，鲍尔斯决定支持迈克的行动，不能让卡林多和弗雷克逍遥法外。
人质交换地点在位于墨西哥湾的魔鬼岛城堡，这里地势险要，无论从空中或海面潜入都将被敌人发现，唯一能够到达那里的途径就是潜水。但魔鬼岛附近被鲨鱼群包围，要想通过这里并非易事。鲍尔斯负责护送卡林多到指定地点交换人质，他说服另外几名队员配合迈克到魔鬼岛进行突击。
经过一番周折，迈克和队员们终于成功抵达魔鬼岛。维丽和罗易负责救出人质，迈克则配合已经抵达小岛交换人质的鲍尔斯给予弗雷克致命打击。此刻人质们被关在水牢，大量的海水注入其中，眼看人质即将窒息。罗易以其最擅长的爆破技术将牢门炸开，使人质得救。迈克和鲍尔斯则基本控制了城堡外面。眼看大势已去，弗雷克和卡林多挟持一名人质上了水上飞机。迈克不顾一切驾驶快艇追了上去，并迫使飞机无法起飞。经过与弗雷克的一场恶战，迈克终于战胜了弗雷克。而弗雷克则得到了应有的惩罚，他掉入海中成为了鲨鱼的美餐。
人质被成功救出，卡林多被绳之以法，海豹突击队再一次名声远播。看着队员的遗体被送回，迈克心中十分悲痛。罗易即将退伍，鲍尔斯也因此次没有按照上级的要求执行任务遭到了撤职，但大家心中并不遗憾。迈克决定退出海豹突击队，组建一支新的队伍，这支队伍又怎么能没有这些老搭档呢？大家信心百倍，期待着新的生活，期待着再一次为正义而战！