在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出。

1989年，日本。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

1989年，日本。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。