故事发生在一颗名为可伦星的美丽星球上，邪恶的欧帝于无意之中得到了拥有强大法力的魔豆，别小看这小小的一颗豆子，它却能够激发出人们心底潜藏的欲望，制造出无限的麻烦。类似的豆子共有七颗，野心勃勃的欧帝打算将它们全部掌握在手中，以此称霸世界。
熊猫果王潘欧识破了欧帝的阴谋，它派出了女儿可可来到可伦星，去那里寻找一位“救世主”。皮皮（谢洁贞 配音）是一只个性有些胆小的熊猫，连它自己也没有想到的是，自己竟然就是这位救世主，然而，皮皮并不想去拯救什么世界，也不想成为英雄，它只想能够进入电视台工作，待在心爱的拉拉身边。

在一千年前，人类和恶灵互相战斗著。人类藉著圣兽的帮忙，远古的百兽战士大神月磨击败了欧陆克的领袖，而且封印了他。现在，欧陆克开始复苏，五个年轻人被圣兽认定。他们一定要放弃他们的现在生命而变成新一代的牙吠连者保护地球的和平。

故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。

拓也他们到了数码世界的一个浮起的岛，这个岛上的人型数码精灵和兽型是完全对立的，人型的数码精灵帮助了拓也、友树和纯平，而兽型的数码精灵则协助辉二和泉，拓也和辉二竟就此打起上来，后来因其它数码精灵哭了起来而停此。人型的剑道兽，与兽型的小熊兽是好朋友，他们说起洞穴里有古代的数码精灵，认为如果仍然存在的，必定可解救这个岛。两种型态再次战争，拓也进化成炎龙兽......