经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。

七年前，日本驻英领事馆发生了一起致命性的中毒事件，而唯一的幸存者也被国际犯罪组织劫走。出于政治原因，日本政府决定将此事隐瞒了下来。 七年后，前国际犯罪情报事务局理事马克·刘来到日本追查犯罪组织头目渡鸦的踪迹。东京警视厅派出特别干员杉下右京及冠城亘前往协助。然而，警方的第一个线人很快就被一个神秘的黑衣男子杀害。不久后犯罪组织入侵了外交部的官方网，并放出一段录像，在录像中的正是七年前失踪的幸存者，鹭泽瑛里佳。组织向日本政府索要9亿日元，并扬言如果不服从要求，数百万人将会见证日本的毁灭……

三年后的某一天，三桥贵志（贺来贤人饰）、伊藤真司（伊藤健太郎饰）曾经展开过激烈战斗的不良少年巢穴·开久高中的一角被邻市的北根坏高中租了下来。以极恶高中出名的北根坏高中的番长是柳锐次（柳乐优弥饰）和大岳重弘（荣信饰）。他们对失去了智司（铃木伸之饰）、相良（矶村勇斗饰）这两位强大头目的开久的学生展开了奇怪的买卖。另一方面，可疑的凉子（山本舞香饰）接近了今井（仲野太贺饰）。史上最大最凶的波澜开始了。