1923年，藏民罗尔布（才项增仁 饰）游弋在高原上，以盗马维生。为了自己的孩子扎西，罗尔布放神羊为其祈福。头人的父亲死去，老阿妈对头人一家的善良感佩，同时又担心罗尔布因盗窃不能魂归于天。罗尔布与同伙抢劫了政府送给寺院的礼物，并打算用赃物为扎西向寺院还愿。抢劫事发，愤怒的头人将罗尔布一家驱逐，从此，罗尔布和妻子卓玛（旦枝姬 饰）、扎西只得在草原上流浪。扎西的病情不见好转并逐渐恶化，罗尔布用圣水为扎西沐浴、虔诚的求佛爷保佑却终于不能挽留自己的孩子。不久卓玛再次怀孕了，罗尔布和卓玛磕头为扎西还愿，但苦难并没有离他们而去……

“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。

少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。

同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。

在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。

少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。