国家社科基金重大项目《作为国家综合安全基础的乡村治理结构调整与机制创新研究》，尝试对全球化条件下中国国家总体安全与乡村治理之间的关系，以及如何构建服务于国家总体安全的乡村治理体系，进行系统性的研究。本书内容涉及：国内外宏观形势分析、国家安全与乡村治理的历史比较、乡村文明复兴与乡村治理模式探讨、社会化农业、粮食金融化与粮食安全、中国百年乡村建设思想与实践、当前农业农村政策、农民合作组织、东亚小农结构、农民工等。

第一部分　导论：“三农”问题与制度变迁
一　农村基本经济制度的理论分析
二　农村制度变迁的外部制度环境问题
三　农村基本经济制度试验研究
第二部分　旧中国的农村基本经济制度问题
四　内生性的制度安排：“两田制”和“两权分离”
五　旧中国农业的商品化与相关制度问题
第三部分　从合作社、集体化到村社集体经济
六　农村集体经济制度形成的原因
七　从合作社到人民公社
八　对农村集体化成败得失问题的研究
第四部分　“大包干”以来的制度创新
九　以土地产权为核心的农村财产制度
十　农村基层经济主体及相关制度建设
十一　农村基层的税费分配制度

有2020年6月第13印本

《三农问题与制度变迁》出第一版时，他刚因实事求是地提出了与被农村基层的草根试验所证伪的那些主张不同的观点而遭到体制内“拆庙赶和尚”的尴尬境遇于是他说：写此书乃“立此存照”，读此书需“细看注脚”。《三农问题与制度变迁》出第二版时，虽然他从本土实践中提出的“二农问题”已经被国家领导人多次强调为“全部工作的重中之重”，他发起并推动的当代“新乡村建设”也已经家喻户晓；但他却再次遭遇尴尬于是他说：改此书乃“以正视听”，读此书则“斑全豹”。

如果我们把农民问题、农村和农业经济的微观研究，置于国家制度变迁和资源环境制约的前提之下，从国民经济发展的宏观高度看中国的问题，就可以形成一个研究农村制度问题的前提性的假设：中国的问题是“一个资源禀赋较差的发展中的农民国家，通过内向型自我积累追求被西方主导的工业化的发展问题”。在这个前提下讨论中国的“三农”问题，除了按照宪法原则应该遵循马克思主义政治经济学之外，需要借鉴和扬弃的理论主要是发展经济学和制度经济学。