国家社科基金重大项目《作为国家综合安全基础的乡村治理结构调整与机制创新研究》，尝试对全球化条件下中国国家总体安全与乡村治理之间的关系，以及如何构建服务于国家总体安全的乡村治理体系，进行系统性的研究。本书内容涉及：国内外宏观形势分析、国家安全与乡村治理的历史比较、乡村文明复兴与乡村治理模式探讨、社会化农业、粮食金融化与粮食安全、中国百年乡村建设思想与实践、当前农业农村政策、农民合作组织、东亚小农结构、农民工等。

《三农问题与制度变迁》出第一版时，他刚因实事求是地提出了与被农村基层的草根试验所证伪的那些主张不同的观点而遭到体制内“拆庙赶和尚”的尴尬境遇于是他说：写此书乃“立此存照”，读此书需“细看注脚”。《三农问题与制度变迁》出第二版时，虽然他从本土实践中提出的“二农问题”已经被国家领导人多次强调为“全部工作的重中之重”，他发起并推动的当代“新乡村建设”也已经家喻户晓；但他却再次遭遇尴尬于是他说：改此书乃“以正视听”，读此书则“斑全豹”。