时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。
那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。

日本战国时代三雄之首的武田信玄（仲代达矢饰），号称“甲斐之虎”。他的信条是“疾如风，徐如林，侵略如火，不动如山”。当武田信玄包围德川军的野田城，即将直取京都完成霸业时，他被敌人的狙击冷枪打中，重伤濒死。临死前，他留下遗言要部下隐瞒自己死讯三年。先前弟弟武田信廉（山崎努饰）找到的替身（仲代达矢饰），原为窃贼的他面貌和信玄酷似，即日本人所说的“影子武士”，担当起了重任。
就这样，在武田信廉一旁的支持辅助下，影子武士从贼性未改到被武田家的大义之举所感动，尽心尽力履行职责，他令武田家人及敌人坚信他就是信玄本人。然而，三年将至，意外之事发生，影子武士被揭露，他被赶走，而武田家的气数也将尽……

　　一文字秀虎征战多年，手段残忍。在七十岁时，秀虎准备将家业一分为三，由三个儿子分掌大权。他把太郎孝虎、次郎正虎、三郎直虎叫到跟前，以“支箭会断，砚支箭折不断”喻语告诫三兄弟，嘱咐他们要休戚与共。三郎当场把三支箭横在膝上折断，以抗议父亲枉经乱世，而不知人情。秀虎大怒，将三郎驱逐出境。三郎遂到邻国入赘为婿。而之后一文字家果然被三郎言中，背信弃义的告诫果然成真，父子及兄弟间的纷乱开始，迎接他们的将是什么命运？

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。
随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。
《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。

　　外表落魄邋遢的浪人武士三十郎（三船敏郎 饰）来到一个小镇，清兵卫（河津清三郎 饰）和新田丑寅（山茶花究 饰）两家恶霸在那里为争夺地盘，招兵买马经常争斗，弄得民不聊生。三十郎决定从中设计，引诱双方雇佣自己，再加入不同方造成两边拼斗，由此坐收渔利，消灭对方。 但随着丑寅弟弟卯之助（仲代达矢 饰）的加入，情况又发生了不同，他手里握有短枪，占得优势，清兵卫的势力被打败，三十郎甚至也受伤不轻。但是决战在所难免，椿三十郎独对丑寅、亥之吉等众人，身处劣势的他如何能剿灭对方呢？

宽永七年德川幕府第三代将军家光时，当时由于实施中央集权，削弱了许多诸侯大名的权力，曾经叱咤一时的武士阶级很多失业沦为浪人。残酷的现实使得无所事事的浪人经常跑到诸侯家，表示要切腹自杀，而势力被削弱无力招揽更多浪人的诸侯只得用钱打发他们走，于是这成为当时流行的敲诈手段。一天井伊家来了一位名叫千千岩求女的浪人，他也提出相同要求，家臣决定将计就计，让他切腹，结果千千岩求女在极度痛苦中咬舌死去。几个月以后又有一名叫津云半四郎（仲代达矢饰）的老浪人前来要求借井伊家宝地切腹自杀。其原因也是不堪生活的困苦，井伊家老（三国连太郎饰）出面。在切腹之前，津云要求讲下自己这辈子的故事……