《中琉关系史料与研究》主要内容包括：中琉关系档案资料概述、中琉关系古籍文献举要、中琉关系历史遗存考察、中琉交往中的册封与移民、中国的文化教育与琉球社会、明清士大夫与琉球、福州港与中琉航海交通、中琉宗教文化、清代台湾与琉球关系、造船、航海与贸易等。