片中绫濑遥来到了位于日本广岛县的大久野岛，为了探寻这座曾经一度消失在日本地图上的神秘岛屿的历史，她采访了91岁高龄的藤本安马先生。作为当时在毒气岛上参与毒气制造的少年兵，老人说出了让人震惊的事实，“制造毒气的目的是为赢得中国侵略战争的胜利，原本人们是为了生存而学习，而我并不是为了生存而去学习，是为了杀死中国人而制造毒气，这就是所谓的犯罪者。杀害了中国人这一事实是不能被扭曲的，扭曲成是英雄行为更是不能够。”

《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。