片中绫濑遥来到了位于日本广岛县的大久野岛，为了探寻这座曾经一度消失在日本地图上的神秘岛屿的历史，她采访了91岁高龄的藤本安马先生。作为当时在毒气岛上参与毒气制造的少年兵，老人说出了让人震惊的事实，“制造毒气的目的是为赢得中国侵略战争的胜利，原本人们是为了生存而学习，而我并不是为了生存而去学习，是为了杀死中国人而制造毒气，这就是所谓的犯罪者。杀害了中国人这一事实是不能被扭曲的，扭曲成是英雄行为更是不能够。”

东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁随负伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其进行了手术。目睹手术全过程的恭太郎之妹橘咲（绫濑遥 饰）深受触动，对仁产生了浓厚的兴趣。次日早晨，仁从咲口中得知震惊的事实：自己竟穿越到了幕末的江户时代！
自此，偌大的历史画卷逐渐铺现。以仁在医学所的浮沉及自立门户后的众多医疗事件为主线，不仅坂本龙马、胜海舟、绪方洪庵、新撰组等人物/组织悉数登场，仁更邂逅了与自己在现代的未婚妻样貌惊人相似的美丽花魁野风（中谷美纪 饰）。深感命运神奇的仁在试图将现代医疗技术引入江户的同时，也努力扭转着历史洪流中众人命定的走向。
本剧改编自日本漫画家村上纪香同名漫画代表作，TV版完结篇亦已于2011年播出。