也许，在整本《圣经》当中，尤其在《新约》中，没有任何卷书比《约翰福音》更适合俄里根的释经进路。他的《约翰福音注疏》是初期教会最伟大的释经著作。在这本书中，俄里根自己也称赞《约翰福音》是《圣经》所有经卷的顶点。《约翰福音》很早就因其与众不同的特性而被称为“属灵的福音书”，这也使《约翰福音注疏》成为关注的焦点，从初期教会到今天一直如此。
俄里根的注疏与《圣经》的经文互相穿插，思维在经文中自由穿行，从中摘取合适的字词，巧妙地将其组织起来。俄里根这样做是为了寻找属灵寓意，因为，他认为《圣经》的每字每句都隐含着属灵寓意。

When early Christians began to study the Bible, and to write their own history and that of the Jews whom they claimed to supersede, they used scholarly methods invented by the librarians and literary critics of Hellenistic Alexandria. But Origen and Eusebius, two scholars of late Roman Caesarea, produced new kinds of books, in which parallel columns made possible critical comparisons previously unenvisioned.