又是一年暑假到来，胖虎（木村昴 配音）和小夫（关智一 配音）怂恿大雄（大原惠 配音），让他拜托哆啦A梦（水田山葵 配音）去寻找尚未被人类开发的秘境。在此期间，一条脏兮兮的小狗不请自来，它成功帮妈妈找到丢失的包，于是成了野比家的宠物，并得名扁扁。扁扁操纵卫星照相机拍到了神秘石像的照片，以此为契机，大雄、哆啦A梦、胖虎、小夫以及静香（嘉数由美 配音）组成了一支少年非洲密境探险队。他们一路上历经千辛万苦，更险些丢掉性命。而当离巨神像越来越近时，小伙伴们出乎意料发现了扁扁以及一个神秘王国的秘密。原本快乐的探险变成一场凶险的战争，他们能否拯救那个国家吗？
本片根据藤子•F•不二雄同名大长篇漫画改编。

随同去年9月底《超时空要塞F》最终回放送结束之际，TV动画片尾便登布了剧场版制作的消息，广大死忠为之虎躯一震，翘首以待。在2009年1月发售的Macross系列作品的综合杂志《Macross Ace》Vol.001当中，些许剧场版情报流出，其中在河森正治总监督＆菅野洋子特别会谈中，两位业内人士对将在2009年上映的《超时空要塞MF》剧场版进行了将近3小时的对话，从中我们得知了剧场版将计划让库兰往爱情方面发展，补足TV中的遗憾，原本在TV中河森神棍的许多建议未被采纳的建议今回将在剧场版中表现出来，而剧中也许会对TV系列进行回顾，引用河森的说法便是为了能让初次接触MF的人对该作有个大概的了解，所以在角色的立场上会有所变动，而至于库兰是否顶替双歌姬的位置菅野洋子回答有机会的话会尝试。
在忙碌于剧场版制作将近半年的时间内，6月份发售的《Macross Ace》Vol.002终于闪亮登场，同时还带来了两则关于剧场版的消息。其一为剧场版《超时空要塞F》将于11月21日正式上映，加入了冬季剧场放映档期。其二为剧场版《超时空要塞F》标题正式定为“虚空歌姫”，而杂志图中绿坝娘兰华李惊现真实二字，腹黑状态的雪露女王只搭配了嘘字，难不成在剧场版中将要揭示绿坝娘才是阿尔特的最终翅膀么！？那么之前《Macross Ace》Vol.001中透露的库兰为主角又是怎么回事！？河森神棍你必须给我们一个交代啊！河森你有什么不开心的事？说出来让大家开心一下，请不要黑雪露好吗？

在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……
本片根据荒川弘的漫画原著改编。

宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）、美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、巴麻美（水桥香织 配音）以及佐仓杏子（野中蓝 配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和 配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。
晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……

四百年前的阿杰克希斯特拉是一个没有战争纷扰、农业和贸易都盛极一时的大城。人们享受著富裕带来的生活：绵衣玉食、雕栏华宇、歌舞昇平。但是这里的人希望这种幸福能够延伸到死后的世界，在制裁与死已之神阿杰克其神官的建议下，他们打造了一座金碧辉煌的理想之都：在这里，珍宝铺地，亡者被製成「穿著华服、戴著面具的木乃伊」，如同活人一样进行著生活里该有的情节，只不过，时空彷彿在欢笑的瞬间静止了。当年为避免覬覦者前来盗宝、乾扰亡灵，因此施下死亡诅咒，凡入侵破坏者皆不能活著离开。
迪耶、波伊斯、拉可熙误入阿杰克希斯特拉，遇上贪婪的强盗拉库姆一伙。这些盗贼为了寻找传说中的宝藏，而惊动了沉睡四百年的亡灵。可怕的死亡力量即将复甦，所有入侵者都将受到诅咒，他们的命运又将如何？

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
栖息着奇妙奇怪的生物们，
沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
陆续得到了“探窟家”的名号。
住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
莉可决定潜入阿比斯深处。
被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
也为了寻找自己的记忆而决定同行。
莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

据说，在这间边境公会中，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（第三位阶）的稀有存在……一名女神官成为冒险者后，首次组成队伍出征，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是那名被称为“哥布林杀手”的男人。
剑之圣女向哥布林杀手提出了委托，拜托他寻找动身前往歼灭哥布林后就一直下落不明 的千金剑士，于是哥布林杀手一行人来到了北方的雪山。不管是遭到袭击的贫穷村落或神秘的礼拜堂，以及这一次哥布林们的行动，这一切在哥布林杀手眼里都显得有些不太对劲。

地球遭到哥斯拉的毁灭，Haruo的父母被杀害，他作为被选中的一员，逃离到了外星球。但新行星并没有适合人类的生存环境，于是被选中的人类只能折返。然而回到地球后，这里已经是2万年之后的世界了。人类与哥斯拉陷入了一场你死我亡的激烈决战……

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

少女成濑顺（水濑祈 配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。
某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉 配音）、因为受伤而无法完成棒球梦想的田崎大树（细谷佳正 配音）、深陷令人苦恼的恋爱之中的拉拉队员仁藤菜月（雨宫天 配音）以及顺，这四人被老师任命组成了“地域沟通交流会”，他们要在交流会上表演一出音乐剧，可是班级里的大部分学生对此兴趣寥寥。在一片争执声中，顺突然出声，担下了演唱的任务。

看不到一点绿色的荒漠中央，一辆越野车载着数名全副武装的人类疾驰而过。他们来到了那座早已成为废墟的大都市，寻找各种可以回首的有用材料，同时执行这一项极其危险的秘密任务。他们的举动很快就被对手发现，那是一辆战争时期遗留下来的智能战车，它可准确感知对手的存在，并第一时间发动毁灭性的攻击。战士们按照原定计划展开合围，可是根本抵挡不住机器战车的猛烈炮火。
死一般沉寂的都市，人和机器的战争逐渐升级。可叹的是，人类制造出如此精良的武器，却用它来毁灭了文明，毁灭了自己……