日本的某处、被美丽的大自然所包围的山间小镇。在这样的镇上，设立着一所自然而亲切的巨大绚烂豪华学校，私立乙桥学校。通过学园中平凡的少女来栖川姬子为中心，股市开始了作为名门的大小姐，文武双全、才色兼备，没有恶习的性格……学院的偶像，姬宫千歌音姬子的青梅竹马，有点没用但却很诚实的大神相马被两位伙伴包围着，明亮而快乐的学员生活。姬子16岁的生日来临了，三人的命运也开始了变化

作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样每天不停地战斗……
就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——