友引高中即将迎来新一年的学园祭，上到老师，下到学生，却都为了这个重要节日而忙碌。虽然应名还有最后一天的准备时间，但是日复一日，年复一年，学园祭开幕式却迟迟未能举行。疲劳的温泉老师从中感到蹊跷，他感到自己与周围的人每年都过着同样的生活，却丝毫未能察觉奇怪之处。温泉将这个想法告诉了樱花老师，两人商议命令天天泡在学校的学生们回家，可是无论如何兜兜转转，面堂等人最终还是回到了学校门口，而留守的温泉老师也就此失踪。经过数日同样的诡异生活，面堂、阿当等人同意与樱花老师成立事件真相纠察小组，大家一同进入了时间和空间分外诡异的友引高中……
本片根据漫画家高桥留美子的原作改编，是该系列动画的第二部电影版，导演押井守对影片的全新诠释却引起了原作者的不满。

为了备考，落榜生五代裕作（二又一成 配音）入住了名为“一刻馆”的集体公寓中，他即将在这里展开充满了曲折与汗水的新的奋斗旅程。除了裕作外，一刻馆中还住着各种各样稀奇古怪的人们——喜欢打听别人家长里短的太太一之濑花枝（青木和代 配音）、神出鬼没有偷窥癖好的四谷（千叶繁 配音）、个性直爽又认真的六本木朱美（三田友子 配音），在这些人的“陪伴”下，裕作觉得自己和理想之间的距离越来越遥远了。
音无响子（岛本须美 配音）是公寓的管理员，也是裕作心目中的女神，在他心情落入低谷只是，只要响子的一句话、一个笑容，裕太就能重新找回自信。横亘在裕太和响子之间的，除了高富帅三鹰瞬（神谷明 配音）外，还有响子死去的丈夫，无法放下对于丈夫的思念，使得响子常常陷入悲伤之中。裕作能够实现自己的理想吗？他和响子之间的恋情又是否可以开花结果呢？每一天，一刻馆中都在上演着有笑有泪的人生故事。