为了解开神秘的石柱突然屹立于地面并攻击人的秘密，原子动力太空般帝斯卡巴里号出发飞往距离八亿公里远的木星。此宇宙飞船的成员包括波曼船长、布鲁飞行员及三个在圆筒内冬眠的队员等五人。途中电脑HAL发生错乱，破坏了冬眠装置，布鲁被诱出船外，于黑暗的太空中被杀，波曼船长则被困在母船中，与之展开生死格斗，结果人类终于获胜。不久宇宙飞船在进入木星的轨道后，因船长发现某地有与月球上的石柱一模一样的东西，就驶向它，却发生意外。当他醒来时，看见自已正和宇宙飞船在路易十六的寝室中。超越时间与空间，所有的一切东西都消失于白光之中后，飘浮在太空上的绿色地球，由一胎儿看守着，此胎儿正是波曼转世而成的，正继续等待着自己出生的日子。这部内容以不远的未来为背景，在广阔的宇宙空间中，人类将面对不可思议之事。

一个大雪纷飞的寒冷夜晚，学者赛里格曼（斯特兰·斯卡斯加德 Stellan Skarsgård 饰）偶遇了遍体鳞伤躺在雪地里的女子乔伊（夏洛特·甘斯布 Charlotte Gainsbourg 饰），好心的赛里格曼将乔伊接回家里疗养，却没想到，等待着他的，会是一个充满了扭 曲情欲的故事。
影片随着乔伊的讲述徐徐展开，年纪很小的时候，乔伊（斯黛茜·马汀 Stacy Martin 饰）就发现了自己拥有异于常人的高涨性欲，年幼的无知和懵懂让乔伊欣然接受了自己的不同，随着年龄的增长，她开始大胆又奔放的徜徉在情欲之海中，甚至和好友一起创办了专门接纳“女性瘾者”的俱乐部。乔伊的第一个男人名叫杰罗姆（希亚·拉博夫 Shia LaBeouf 饰），当成年后的乔伊再度遇见杰罗姆之时，她发现自己竟然深深地爱上了他，而悲剧的是，乔伊发现，唯独杰罗姆的爱抚无法燃起她的激情，在性和爱之间，乔伊陷入了深深的迷惘之中。

杰克（爱德华•诺顿 饰）是一个大汽车公司的职员，患有严重的失眠症，对周围的一切充满危机和憎恨。
一个偶然的机会，杰克遇上了卖肥皂的商人泰勒（布拉德•皮特），一个浑身充满叛逆、残酷和暴烈的痞子英雄，并因为自己公寓失火而住进了泰勒破旧不堪的家中。两人因缘际会地成为了好朋友，并创立了“搏击俱乐部”：一个让人们不戴护具而徒手搏击，宗旨在于发泄情绪的地下组织。
俱乐部吸引了越来越多的人，逐渐发展成为一个全国性的地下组织，而泰勒也以自己个人的魅力，吸引着那些盲目的信徒。俱乐部的成员们到处滋事打架、大肆破坏，泰勒本人的行为也越来越疯狂。
杰克对于“搏击俱乐部”的现况及泰勒的行为越来越无法忍受，和泰勒发生争执，泰勒离开了他。然而，杰克发现，他走到何处都无法摆脱泰勒的影子，他开始思考：我到底是谁？

十三，一个听起来就有些阴冷的数字。在一座大厦的第十三层，科学家道格拉斯·霍尔（克雷格·比尔克 饰）和汉农·富勒（阿明·缪勒-斯塔尔 饰）用电脑模拟出一个逼真的1937年的洛杉矶，他们可以通过电脑进入这个虚拟世界，真实地体验1937年的生活与自己。然而一个夜里，富勒被人杀死，种种线索都表明似乎是霍尔所为。可霍尔却对当天夜里的事情全无记忆。这时一个自称是富勒女儿的女人又神秘出现，可霍尔从未听富勒说过自己有女儿……为了找到凶手明晓真相，霍尔循着富勒留下的线索来到虚拟世界中，他离真相越来越近了……近到窒息……

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

道姆·柯布（莱昂纳多·迪卡普里奥 Leonardo DiCaprio 饰）与同事阿瑟（约瑟夫·戈登-莱维特 Joseph Gordon-Levitt 饰）和纳什（卢卡斯·哈斯 Lukas Haas 饰）在一次针对日本能源大亨齐藤（渡边谦 饰）的盗梦行动中失败，反被齐藤利用。齐藤威逼利诱因遭通缉而流亡海外的柯布帮他拆分他竞争对手的公司，采取极端措施在其唯一继承人罗伯特·费希尔（希里安·墨菲 Cillian Murphy 饰）的深层潜意识中种下放弃家族公司、自立门户的想法。为了重返美国，柯布偷偷求助于岳父迈尔斯（迈克尔·凯恩 Michael Caine 饰），吸收了年轻的梦境设计师艾里阿德妮（艾伦·佩吉 Ellen Page 饰）、梦境演员艾姆斯（汤姆·哈迪 Tom Hardy 饰）和药剂师约瑟夫（迪利普·劳 Dileep Rao 饰）加入行动。在一层层递进的梦境中，柯布不仅要对付费希尔潜意识的本能反抗，还必须直面已逝妻子梅尔（玛丽昂·歌迪亚 Marion Cotillard 饰）的处处破坏，实际情况远比预想危险得多……