突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第三新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14 岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。

17岁少女绀野真琴是一个活泼跳脱的少女。在一次普通值日工作中，真琴不小心摔倒了，自此她发现自己拥有了穿越时空的能力。她兴奋不已，掌握了穿越时空的方法后，她经常用这个方法去解决生活中许多令她困扰十分的事。
喜欢棒球的真琴与同班的两名男生千昭与功介有着共同爱好。一天，与她本是好朋友的千昭突然向她表达爱意，手足无措了她再次穿越时空希望可以躲避这件事的发生。但没想到，千昭会跟同学友梨在一起了，而友梨也是一直喜欢千昭的。此时，暗恋功介的果穗误以为真琴是功介的女友。
为了帮忙解决朋友的问题，真琴不断以同样的方法回到过去。她突然发现自己手臂上的数字原来是穿越时空的次数，次数变得越来越少，与此同时她也发现了千昭的秘密……