张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

包龙星（周星驰 饰）用钱买来了一个候补知县的职位，可是为人贪婪，县上的人都对他痛恨之极。在他代替正式知县的时候，戚家媳妇戚秦氏（张敏 饰）遭到了常威( 邹兆龙 饰 )的强暴，后来常威动了杀机把戚家上下都杀害了，更嫁祸于戚秦氏。常威是水师提督大人的儿子，请来大状方唐镜（吴启华 饰），收买了所有证人以便洗脱罪名。包龙星虽然极力寻找证据，也被迫害至落难他乡。他决定要上京告御状，后来他因没钱不得不在妓院打工，向老板娘学习了一身斗嘴的好功夫。他在妓院里误打误撞认识了皇上，帮助皇上有功他被封了大官，重审戚家被害的案件。他凭着聪慧与口才，全力为戚秦氏讨回公道。

2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）被捕，一星期后由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审。将军特派其黑社会爪牙健（郑伊健饰）返回50年前寻找铁雄，并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年去保护铁雄。
时大雄为93年一中学长期留班生，常遭同学余忌安（许志安饰）作弄毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）对他真心。飞龙三特警混进学校，扫帚头当上老师，铁面做大雄同学，星则任大雄跟班，帮大雄打赢忌安，并向他套取铁雄下落，但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校，另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗？