最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，但他的叛乱最终被奥特之王平定，并被打进宇宙监狱……
多年以后，被扎布拉星人救出的贝利奥斯重回光之国，打败了众奥特战士，成功夺走人工太阳火炬并到怪兽墓场去。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、初代和赛文。
此时，盘龙号在特顿星遭遇怪兽的袭击。在雷将怪兽消灭后，梦比优斯把雷带走，并向他求救。两人与初代、塞文会合后，便一同前往怪兽墓场……其后，盘龙号再次遭受怪兽袭击，而此次被戴拿出手相救。在杰顿星人口中得知奥特之星的灾难后，盘龙号也飞往怪兽墓场……
另一方面，在K76行星接受雷欧兄弟特训的赛文之子·ZERO在听闻奥特之星的危机后，也动身到怪兽墓场……

奥特兄弟：奥特曼、赛文、杰克、艾斯，为了阻止亚波人怨气的集合体最终超兽萨乌鲁斯攻击地球、也为了避免在宇宙空间展开激烈的战争，奥特兄弟与强大的合体兽进行了一番苦战。但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏障"，封印了这股邪恶力量。可是，使用"最终十字屏障"需要使用大量的光能，这就意味着奥特曼失去了变身的能力。
于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯奥特曼。

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。
现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。
没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，
平行存在于现实世界中的横浜。
幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。
阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。
把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，
目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。
就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。
他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。
「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」
出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？
随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。
那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。
和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，
以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，
期待着未来和他们擦出的火花吧。
早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。
并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。
《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，
第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，
都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。
两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。
在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。
但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。
还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。
将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。
当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，
从未见过的奥特曼出现了，
他的名字是「迪迦」！
昭和宇宙人和平成奥特曼激突！