高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。
经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……

香港警察李忠志（古天乐 饰）得知女儿芝（陈汉娜 饰）于泰国旅游间莫名失踪，即亲赴泰国报警求助。负责案件的华人探员崔杰（吴樾 饰），应允让他一同调查，却想不到李忠志利用媒体呼吁市民提供线索。 一条意外拍下芝被捉走的片段上载至警方网站，却被神秘删除。崔杰即连同好友兼同袍Tak（托尼·贾 饰）同赴寻找片主，却遇神秘人马截足灭证，狭路相逢，展开追截并与之搏斗。李忠志与崔杰两人逐步调查，却发现案中有案，并开始意识凶手背后神秘势力非他们能对付……