本片讲述了香港新界围村陆氏家族在房产开发交易黑幕后的故事。故事开始于村民罗永就（古天乐 饰）醉酒撞死了异姓兄弟陆永远（钱嘉乐 饰），陆永远之妻月华（周迅 饰）从此与他势不两立。罗永就5年后出狱，发现陆氏家族大家长陆瀚涛（曾江 饰）和其女陆永瑜（叶璇 饰），以及女婿（黄磊 饰）已经坐拥新界最大房产公司，而陆家兄弟陆金强（刘青云 饰）、陆永富（方中信 饰）等人则疯狂扩张势力。不久香港房产巨鳄邀请罗永就“共商大事”。同时，神秘人阿祖（吴彦祖 饰）透露给月华一个通过窃听得到的秘密消息，他告诉月华要想在这场欺天阴谋中复仇，就必须按照他的指示去做…… 于是几方势力都开始暗自行动。
本片是《窃听风云》系列的第三部，但是除了“窃听”这一核心创意外，故事内容与前两部无关。

大盗张彼德（刘德华）得知生命只剩四周时，决定为死于黑道老大（李子雄）之手的父亲报仇，为此他精心设计打劫了黑道老大的运输公司隔壁的财务公司，并挟持人质引来因得罪上级被转调文职的高级谈判专家何尚生（刘青云）。
何尚生在同张彼德展开追逐时，虽屡战屡败，却渐了解到黑帮老大实则借 助运输公司做非法走私珠宝的生意，于是同张彼德化敌为友，携手同黑帮势力展开了斗智斗勇的游戏。而张彼德在逃避何尚生追逐的过程中无意结识女孩梁婉婷（蒙嘉慧）后，在生命的尽头获得一份浪漫奇缘。

民国时期，国内最大的兵工厂发生离奇命案，死者被“幽灵子弹”所杀——犯罪现场找不到弹头。一时之间，疑云密布，人心惶惶，此案堪称民国第一奇案。此案交由警局内负责管理档案的政务警察松东路调查（刘青云 饰），担任文职的松东路既不会拳脚功夫也不懂如何开枪，却思想缜密，对破疑难杂 案有独特方法。一心为民除害的热血警探郭追（谢霆锋 饰）不容于警局贪污腐败氛围，联手松东路调查此离奇命案。
如何开枪不用子弹？如何让子弹在穿入肉体的时候消失？松东路和郭追在枪和子弹上做了各种各样的研究，包括向猪身体发射盐子弹、冰子弹等等，却没有任何满意的结果。随着案情调查深入，两位警探抽丝剥茧地发现恐怖阴森的杀人密室和离奇的造弹装置，其诡异程度让经验丰富的松东路也瞠目结舌。就在“幽灵子弹杀人”真相揭开之际，松东路、郭追却接二连三遭人追杀，警察小五（井柏然 饰）在开枪掩护松东路、郭追逃亡之时惨死。结案期限迫在眉睫，算命姑娘小云雀（杨幂 饰）不经意间透露出“幽灵子弹”惊天秘密……