1944 年，冒险考古学家印第安纳·琼斯陷入了熟悉的困境：在他试图破坏纳粹的邪恶计划时，又被纳粹抓住了。摆脱邪恶的魔掌后，琼斯和他的同伙巴兹尔·肖发现法西斯分子已经找到了安提凯西拉装置，这是阿基米德发明的一种装置，据说可以揭示时间裂缝。琼斯挫败了敌人的阴谋并偷走了机械装置——看似这件事就这么被平息了。然而，大约25年后，当他的教女海伦娜来寻找安提凯西拉时，琼斯被迫重新出山，而一群顽固的纳粹地下组织也在跟踪她。琼斯和海伦娜能否在时间耗尽前挽救局面？

二战期间，希特勒在世界各地召集考古学家寻找“失落的约柜”——圣经中引导希伯来人与上帝交流的圣物，希特勒欲借其来护佑纳粹的战争。
为了使希特勒的计划破灭，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）奔赴尼泊尔，一边奋力挖掘蛛丝马迹，一边还要与无孔不入的纳粹分子周旋。凭借着过人的智慧和异于常人的胆量及大无畏的勇气，琼斯终于在罗马找到了指示约柜位置的太阳手杖，继而发现了约柜。
就在大功告成之际，纳粹军却侵吞了胜利果实，还将琼斯等人留在了蛇穴里！但是无往不胜的琼斯总是有办法死里逃生，并狠狠地还以颜色！