承接上集于纽约大陆酒店中枪坠楼，大难不死的约翰·威克（基努·里维斯 饰）越洋前往大阪大陆酒店，向经理兼老朋友岛津浩二（真田广之 饰）求助。另一方面，高桌会的新领导人文森特·德·格拉蒙特侯爵（比尔·斯卡斯加德 饰）决心斩草除根，他先对付纽约大陆酒店经理温斯顿（伊恩·麦克肖恩 饰），再逼使威克昔日战友该隐（甄子丹 饰）替他效力，誓要孤立威克。
为了找出一条真正出路、打破宿命，威克決定向格拉蒙特侯爵提出生死决斗，贏了便能从此逃离追杀、重获真正自由；但他不知道，侯爵早于巴黎的决斗地点布下天罗地网，只待他堕入死亡陷阱…

古老的日本进入江户时代，德川幕府闭关锁国，维持着与世隔绝的和平和将军家的绝对统治。五代将军纲吉（田川洋行 饰）在吉良上野介（浅野忠信 饰）的陪同下造访浅野内匠头（田中泯 饰）所领导的播州赤穗藩。吉良阴险狭隘，野心勃勃，他利用妖女美月（菊地凛子 饰）迷惑浅野藩主，令其对吉良挥刀相向。震怒的将军责令浅野切腹，并严禁赤穗藩的家老大石内藏助（真田广之 饰）挟私报复。高傲的武士们一瞬间沦为浪人，而藩主自由收养的混血儿魁（基努·李维斯 Keanu Reeves 饰）更遭到不公的对待。经过一段时间的忍辱负重，大石将四十六位忠勇的赤穗藩武士集结麾下，暗中展开针对吉良的复仇。他辗转找到了魁，自幼爱慕藩主女儿美伽（柴崎幸 饰）的魁，为了防止心上人被吉良玷污，选择加入了复仇集团。
四十七浪人的经典故事，以别样的形式呈现出来……

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

不久之前刚刚经历丧妻之痛的约翰·威克（基努·里维斯 饰），未曾料到磨难与折磨接二连三袭来。他那辆1964年的福特老爷车被一伙俄罗斯小混混盯上，旋即引来对方入室抢劫，心爱的狗狗被当场杀死，约翰也遭到无情毒打，那辆老爷车自然被对方抢走。偷车的混混（阿尔菲·艾伦 饰）是黑帮大佬维格·塔拉索夫（迈克尔·恩奎斯特 饰）的儿子，而维格在听说这件事后显得紧张非常，因为约翰有着令人胆战心惊的身份。他曾是名震江湖的冷血杀手，当年替塔拉索夫杀掉不少难缠的对手，后来却为了妻子金盆洗手。愤怒至极的约翰拒绝塔拉索夫的调解，他决定单枪匹马展开复仇……

恢复平常生活的前任杀手约翰意外的遇见了一位老朋友，这一次他来到了罗马。

约翰·威克经历了前两次的追杀、特攻之后，由于执意破坏酒店规矩，因而遭到悬赏通缉，全球杀手闻风而至、一路追杀。这次他又将如何杀出重围，终结这场逃亡之旅。