唐末执掌敦煌的张氏归义军首领张淮深，迎回了久居长安作为唐王朝人质的堂弟张淮鼎、张淮诠兄弟。当年淮鼎、淮诠的父亲是上一任的敦煌首领，他为打消唐王朝对张氏政权的戒心，不得已举家入长安作为人质。现在父亲去世，兄弟二人回到故土，张淮深隐隐感觉到自己在敦煌的统治地位将被动摇，一场表面家人团聚的温情大戏背后，正暗暗涌动着波云诡谲的政治阴谋。
曹仁贵，是敦煌商贾曹姓家族中最年轻的儿郎，因自己少年俊颖，被张淮深器重随父远赴于阗通商，回来后一步步接触到张氏政权核心。从一个好奇的旁观者渐渐变为最靠近权力核心的掌权者，曹姓家族也由此成长为敦煌实际上最大家族。小说看似在讲述张氏政权尔虞我诈的斗争，实则作者想要昭示的是历史轮回里更大的宿命。
《降魔变》以敦煌为背景，讲述唐时当地政权从张氏归义军如何更替为曹氏归义军的历史。作为一本历史小说，马鸣谦以历史的后见之明，借佛教“业”的概念，营造出一种历史宿命般的森然鬼气。作者幻设出种种被他的笔所魅化的形象，如鹰、野羚、白蛇、飞鸟、大力金刚以及作为书名的降魔变壁画，他让这些幽灵从始至终潜伏于真实存在的历史人物身边或梦里，以一种冥冥之力牵引读者的阅读感官，令那些对敦煌及归义军历史不甚了了的读者，也很容易被这种作者预埋的线索吸引而进入历史的深层肌理。

一封神秘邮件引发了一系列惊悚事件：可疑的坠机事故，袭击与谋杀，若隐若现的文物走私集团，和更为神秘的幕后力量。这是一场预先设计的智力角逐；循着后续的线索提示，我们的主人公一步步破解着关于早期佛教的学术之谜；事件在广袤的地理空间内展开：曼谷、东京、伦敦、柬埔寨丛林和尼泊尔山区。随着谜局的层层展开，带出了已被历史尘埃遮蔽千年的隐修部派佛教的惊人发现。