克隆战争已经进行了三年，共和国即将胜利，分裂联盟的格非特将军和杜库伯爵（克里斯托弗•李 Christopher Lee 饰）劫持议会首相帕尔帕庭（伊恩·迈克蒂安米德Ian McDiarmid 饰）潜逃，绝地武士欧比-旺•肯诺比（伊万•麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）和阿纳金（海登·克里斯滕森 Hayden Christensen 饰）奉长老院命前去营救，阿纳金杀死杜库伯爵救出帕尔帕庭，但格非特将军逃匿。阿纳金梦见妻子阿米达拉（娜塔丽·波特曼 Natalie Portman 饰）将死于难产，困惑中求助于帕尔帕庭，后者趁此机会离间阿纳金与绝地长老院。随着阿纳金向帕尔帕庭的靠拢，一场针对绝地武士与其所捍卫之民主的阴谋逐渐展开。
本片提名2006年第78界奥斯卡最佳化妆奖，并提名格莱美最佳电影电视等视觉媒体原创音乐奖。

帝国军发现并攻占了起义军的基地哈夫星，起义军撤离了基地。卢克和机器人R2飞往了狄克行星寻找绝地大师尤达，向他学习成为绝地武士的课程。太空船长索罗带着莱娅公主逃避帝国的追击前往云中之城寻找索罗过去的朋友兰多，却由于兰多的出卖落入了帝国手中。卢克预感到朋友有难，于是前往云中之城。冰冻了索罗，设下陷阱准备诱捕卢克。由于达斯·维德撕毁了协议，兰多投向了起义军。他救出了公主等人，却未能救下索罗。卢克却陷入了与达斯·维德的苦斗之中，达斯·维德一心劝诱卢克投降，并告诉了卢克他就是卢克的父亲。经过一场激烈的追逐，卢克和公主等人终于摆脱了帝国的追击，回到了义军的船队。面对星空，他预感到一场严酷的斗争又将来临。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。
纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。
J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。
为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

银河议会出现了利益争执，纳布星的女王阿米达拉（娜塔丽·波特曼 饰）被贸易联盟绑架并威胁签署新的贸易协议。绝地武士奎刚·金（连姆·尼森 饰）及徒弟欧比旺·克诺比（伊万·麦克格雷格 饰）受命前去解决纠纷，维护和平。他们的飞船在塔图因星意外降落的时候遇到了安纳金并将其带走。在奇异天才少年安纳金等人的帮助下，奎刚及欧比旺与贸易联盟的机器人部队及西斯武士展开了决斗……