失去了心爱的女人，杰森·伯恩（马特·戴蒙 饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
但是伯恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。

杰森·伯恩（马特·达蒙 饰）在意大利被人从海上救起，他失去了记忆，除了臀部的瑞士银行帐号之外，他完全没有办法证明自己的身份。
杰森从瑞士银行找到了大量的现金，六本护照，一把枪，同时他发现自己格斗、枪械、和语言等方面的能力，他开始追查自己的身份，并且把陌生女子玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）也卷了进来。两人从瑞士到巴黎，一路上受到神秘杀手组织的追杀，危机重重。
杰森能否化险为夷，找到自己的真实身份？他是否有勇气面对真相？

杰森·伯恩事件引起连锁反应，垫脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务的特工相继殒命，而负责染脏双手的执行人——前美国空军上校艾瑞克·贝尔（爱德华·诺顿 饰），正慢慢将屠刀伸向隐藏在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳 饰）。
突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在昔日同伴的追杀中求生，还必须设法找到那曾为他提供源源不断体能和智力的蓝绿药丸……