一个全新型态的网路超级病毒，突然遍布全世界的电脑，一开始无伤大雅不受重视，直到随着时间累积，许多基础建设的系统都一一被攻击掌控，比过往任何一种病毒复杂几十倍，甚至可能全面瘫痪人们的生活。随着深入调查，揭露这个超级病毒Stuxnet，背后竟是美国与伊朗战争行动的阴谋，伊朗核武危机无法以政治手段解决，美国便对伊朗的网路展开攻击。无法回头的网路攻击逐渐失控，人们生活中各式控制系统都备受威胁，包括发电、交通、通讯、ATM、医院都将不堪一击，网路安全问题全球都可能遭到入侵，下一次的世界大战危机似乎也一触即发。

本杰明是一个这样的人：三次元现实世界中，他是一个十足的屌丝&Loser，难以找到存在感，没有时尚感、没有朋友，也没有女朋友。但是二十五岁的他却是一个的电脑极客，拥有对数字技术不可思议的天赋。而影片中另一位主人公马克思是一个渴望“黑客世界”的潜在革命者，他注意到了本杰明在 网络方面的惊人才华，马克思、本杰明和神童斯蒂芬以及保罗私人组建了黑客组织CLAY，并且为了正义入侵国际安全系统。他们凭借高超黑客技术的所为引起了德国秘密警察组织、欧洲刑警组织的重视，并且一个邪恶的黑客将他们视作威胁，想要将他们除去。本杰明因此感觉到自己正在面临生死攸关的考验，并且他们的目标似乎不值得他付出如此大的代价……

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。