一个从银河系某个星球出发的飞碟向地球无限靠近，最后选择在美国纽约着陆。面对这样一个看似不友好的天外来客，美国警方给出了强烈的回应和攻击。其实来自外星球的智慧生命克拉图踏上地球并非有入侵的妄念，而是带着警示来告知人类－－如果再有“挑衅”之举，践踏和平，地球将惨遭灭亡。随他一同到地球“造访”的还有一个具有超级强悍的机器人戈特，他具有的超级能量能将人类轻易“放倒”。
着陆后，这两个天外来客被警方带到了一个地方进行盘问，警方不友好的行为使得克拉图最终自己从这里逃走。通过与人类的交流和沟通，克拉图开始学习关于地球和人类的诸多知识，也让他对这个人类栖居之地有了了解。一个偶然的机会，克拉图遇到了海伦·班森和她的儿子波比，并在这母子俩的带领下开始了他的纽约之旅。克拉图最终在在林肯纪念堂前驻足，因为他看到了林肯在很久以前发表的文字，而他知道这将是拯救地球的希望。
当母子俩开始对克拉图产生怀疑时，克拉图直言不讳地告诉了自己和戈特此行的目的。原来戈特是银河系超级机器人执法小组的成员，他们以捍卫宇宙和平为己任。他们认为人类对宇宙的和平危机越来越深重，因此有必要对地球进行摧毁。
较量开始了，克拉图在林肯纪念堂前看到的那一段文字“Klaatu barada nikto”果真是解救人类的密码吗？这场地球毁灭战会打响吗？地球真的会惨遭灭绝？谁将会是最后的救世主？

退休炸弹专家佩恩（丹尼斯•霍珀 Dennis Hopper 饰）因不满政府的退休政策，产生了报复社会的念头。他先是在电梯里安装炸弹，劫持人质勒索100万美元赎金，但被特警杰克（基努•李维斯 Keanu Reeves 饰）拆除了炸弹，救出了人质。佩恩趁乱逃脱。
一计不成，佩恩并没有放弃，他继续他疯狂的计划。这次他炸毁了一辆公车，并在另一辆公车上安装了炸弹，只要该公车的时速超过了50英里就不能再减速，否则就会引起爆炸。当杰克赶上这辆公车时，公车已经满载乘客行驶在高速公路上，时速也早已过了50英里。
杰克是俗称的“胆生毛”，他冒险上了公车，和佩恩之间的生死时速开始了。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。