第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

漆黑的夜里，史密斯（克里夫•欧文 Clive Owen 饰）无意中被卷入了一场黑帮的追杀，穿越激烈的枪林弹雨，他解救了一个在襁褓中的婴儿。婴儿的啼哭，让这个功夫了得的铁汉遭遇了难言的尴尬。除了在超市购置婴儿用品之外，他还得解决婴儿的喂奶问题。这时，他想到了在妓院工作的朋友DQ（莫妮卡•贝鲁奇 Monica Bellucci 饰），并强行赶走了嫖客，把婴儿托付给她。DQ其实对史密斯怀有深情，却一直没有机会表白。在蜂拥而至的黑帮暴徒来临之际，两人终于坦诚相见，并肩作战，照顾婴儿。经过史密斯的调查，他们发现想要加害婴儿的黑帮其实跟军火商有关系，而且他们还雇佣了很多代孕妈妈。史密斯隐隐觉得这背后隐藏着一个不可告人的秘密，于是他决定铤而走险，一场正邪较量由此展开……

珍妮（苏菲•玛索 Sophie Marceau 饰）是居住在法国的一名美女作家，她和丈夫迪奥（Andrea Di Stefano 饰）共同经营一个幸福美满的四口之家。但是近一段时间，珍妮却感到令人难以承受的压力。客户的要求让她无法随心所欲写作，渐渐地珍妮发现周遭的一切开始发生变化，房间、丈夫、儿女甚至她自己的容貌都让人倍感陌生。珍妮的歇斯底里使家中的欢乐荡然无存，她和丈夫的婚姻也走到尽头。
某天，珍妮的容貌也完全发生改变，变成了一个拥有一头黑发、大眼明眸的异域风情女子（莫妮卡•贝鲁奇 Monica Bellucci 饰）。她偶然在母亲的住所看到一张相片，于是启程前往意大利，寻找自己真正的本源归宿……

当我还只是十三岁时，1941年春末的那一天，我初次见到了她那一天，墨索里尼向英法宣战，而我，得到了生命里的第一辆脚踏车。
她，撩著波浪状黑亮的秀发，穿著最时髦的短裙和丝袜，踏著充满情欲诱惑的高跟鞋，来到了西西里岛上宁静的阳光小镇。她的一举一动都引人瞩目、勾人遐想，她的一颦一笑都教男人心醉、女人羡妒。玛莲娜，像个女神一般，征服了这个海滨的天堂乐园。
年仅十三岁的雷纳多也不由自主地掉进了玛莲娜所掀起的漩涡之中，他不仅跟著其他年纪较大的青少年们一起骑著单车，穿梭在小镇的各个角落，搜寻著玛莲娜的诱人丰姿与万种风情，还悄悄地成为她不知情的小跟班，如影随形地跟监、窥视她的生活。她摇曳的倩影、她聆听的音乐、她贴身的衣物都成为这个被荷尔蒙淹没的少年，最真实、最美好的情欲幻想。
然而，透过雷纳多的眼，我们也看到了玛莲娜掉进了越来越黑暗的处境之中，她变成了寡妇，而在镇民们的眼中，她也成了不折不扣的祸水，带来了淫欲、嫉妒与忿怒，而一股夹杂著情欲与激愤的风暴，开始袭卷这个连战争都未曾侵扰的小镇。
玛莲娜一步步地沉沦，与父亲断绝了关系、被送上法院，更失去了所有的财产，这使得向来天真、不经世事的雷纳多，被迫面对这纯朴小镇中，人心的残暴无情，看著已经一无所有的玛莲娜，雷纳多竟鼓起了他所不曾有过的勇气，决定靠著他自己的力量，以一种教人难以料想的方式，来帮助玛莲娜走出生命的泥沼……