外星巨兽屁屁怪突然袭击地球大肆破坏，全球进入一级戒备，手足无措的军方决定向全球征集优秀的机器人设计，来对抗屁屁怪。梦想当发明家的麦兜（张正中 配音），也带着他设计的“电饭宝”去参赛，机缘巧合下，竟然侥幸当选。于是地球的希望，一下子都落在了麦兜身上！麦兜又能否成为英雄，拯救地球？

在城市的破败角落，脑顶光秃秃的重案组老警察入职三十年，虽然破了许多大案要案，满身都是伤痕弹孔，但是他的家庭情况却一团糟。老婆和他离婚，儿子嫌他臭。与老警察相对，青年私家侦探波比（黄磊 配音）如日中天，扶摇直上，FBI请他讲课，相关动画片热播，波比俨然成为福尔摩斯一般的存在。在某起密室杀人案后，老警察不得已请来波比调查。波比为什么会这么厉害，这一切似乎都与他的妈妈麦太（吴君如 配音）有关。在崇拜他的小孩子们的追问下，波比的思绪回到孩童时代，麦兜（张正中 配音）和妈妈共处的那个快乐无忧的童年，一切美好都早已注定……

麦兜电影版的第五部作品，春田花花幼稚园出现了史无前例的经济困难。即使校长（黄秋生 配音）和陈老师（许飞 配音）以及麦太（吴君如 配音）等家长使出浑身解数也没法解决。于是学校召开了一次校友筹款晚会，但是长大成人的校友们都没什么出息，欣慰的是校长无意之中发现了麦兜等小朋友的音乐天赋。经过挫折，校长终于找到了胶牌经理人（郑中基 配音）为小朋友合唱团打理事宜，演出大获成功通告不断。可惜最后关头经理人失踪，合唱团并没有为学校带来大收益。可校长在最后一场演出中发现了惊喜，春田花花幼稚园也还有成功的校友存在，众校友再一次感到了人生的真谛。

本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。
现实部分的故事开始于一次“人质挟持事件”，一群持枪匪徒闯入香港中环的国际金融中心（IFC），劫持了一家广告公司的数十名职员，在和警方对峙的关键时刻，匪徒提出要吃外卖盒饭，警方进一步调查发现此案线索涉及“春田花花幼儿园建校五十周年校庆”，而匪徒在与广告公司职员交谈时，发现某个直发披肩女孩（周笔畅）来自著名而神秘的网站春田花花幼儿园，产生好奇。而穿插在现实部分里的动画故事，春田花花幼儿园的小朋友幻想着自己将来快乐简单的理想职业生活，可是长大的他们（黄秋生、郑中基、梁咏琪等），换取温饱的方式多数变成了目标不分的随大流装傻。

随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他……

麦兜，一个长得不帅，头脑平平的小朋友。和妈妈麦太太，在香港一个叫大角咀的地方过着并不富裕却很快乐的生活。从麦兜带着妈妈的期望来到世界那一刻开始，他的脑海中一直飘满七彩幻想的泡泡。那个蓝天白云，椰林树影，水清沙白的童年的马尔代夫，那充满诱惑的圣诞火鸡的浓香，还有那个关于“抢包山”的奥运金牌的梦想，让麦兜平凡着他的平凡，却幸福着他的幸福。麦兜，和春田花花幼儿园的小朋友们一起，陪着我们，简单的在爱的呵护下慢慢长大。

长江三峡，考古学家掘出庞然巨物，手工奇劣，一看竟是麦子仲肥又一废物出土！麦子，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱撑的思想家、发明家。正当大家不知如何处置这大而无当之物，一位怀疑是麦子十八代后人的小朋友，麦兜（郭君彦/张正中 配音），正与妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）一起在香港发呆。
麦兜很慢，很乖，很钝，被评定为多元低智能。麦太也好不了多少，半辈子乱冲乱扑，却都在扑空。为了自己，为了麦兜，麦太决定带麦兜来内地闯天下。到了武汉，麦太忍痛先把麦兜送到山上一武术学校“太乙春花门”寄宿。山上生活清苦，掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）呆头呆脑。麦兜无心习武，最大的乐趣是跟小同学偷入炼丹房煮方便面；值得庆幸的是，麦兜的身边还有一位可亲的助教“熊宝弟弟”，不时照顾麦兜。
“世界幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”小朋友软手软脚，看来只有挨揍的份儿。“国际幼儿园武术大赛”，麦兜迎战各地好打小朋友。这时，麦兜祖宗麦仲肥的巨物突然当、当、当的响起。原来这是个一年等于一秒，每三千六百年才报一次时的大钟…大成若缺，大器晚成。麦兜忽然领悟出太极拳，以至自己生命的道理……