电影根据萧鼎小说《诛仙》改编。草庙村被屠，少年张小凡双亲离世，被青云门大竹峰收留。机缘巧合之下，他习得佛门天音功法，又意外获得魔教法器烧火棍，踏上强者之路的同时，也让他陷入了巨大的危机。至魔法器的现世，与陆雪琪、碧瑶、田灵儿三个女生间命运的交错，都让他原本单纯的人生轨迹充满变数。一个勇者驳斥命运的传奇之旅就此展开......

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。
在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。