暑假再次来临，然而大雄却愁眉苦脸，提不起兴趣。原来老师放假前布置了一个作业，让同学们自选课题，进行自由研究。眼看小夫、静香甚至胖虎都找到了研究题目，大雄惟有求助好朋友哆啦A梦。
哆啦A梦拿出未来世界的“创世组件”，它就如同养成游戏一般，通过操作者自己动手，模仿宇宙诞生的全过程。凭借哆啦A梦的帮助，大雄着实体验了一把当上帝的感觉。不过创造宇宙也不是什么简单事，经过两个好朋友细心观察和照看，他们的微缩宇宙终于形成，而且创造出与地球类似的星球。在适宜的条件下，生命开始繁衍。最终静香等人也加入进来，和大雄一同经历生命进化的精彩而刺激的过程……

哆啦A梦（大山信代 配音）拿出了一个可以进入连环画的鞋子，大家跳进连环画玩，可是静香（野村道子 配音）丢了一只鞋子，没有回来。而连环画被大雄的妈妈烧毁了。于是，大家必须去古代的阿拉伯，寻找童话与现实有衔接的地方，找寻静香的下落。静香是被奴隶贩子拐走了，而大家先是遭遇四十大盗，哆啦A梦的口袋也被偷了，然后大家在海上遭遇暴风雨，拣回一条命被冲到了大沙漠，只能在一望无际的沙漠里艰辛的寻找静香的下落。沙漠里，大家经受着常人无法忍受的困难，大雄严重中暑昏迷，小夫屡屡看到幻像。他们后来发现了一个黄金宫，国王是《一千零一夜》里的风云人物水手辛伯达，他有着大魔神，神灯，飞毯等许多不可思议的，只会出现在《一千零一夜》童话故事里的道具。他为什么会有这些东西？面对想抢夺黄金宫的奴隶贩子和四十大盗，大雄一行人将如何化险为夷……

大雄相信天空上有云之国，遭到好友们的嘲笑。哆啦A梦用未来的神奇工具和大雄共同打造属于自己的云之国，建好之后，好友们被邀请上来，大家度过一段快乐的时光。
漂浮的云之国停在阿尔卑斯山上，大雄他们解救了一个神秘的男孩，不久后男孩失踪。正当他们四处寻找的时候，突然真正的云之国出现在他们面前。小伙伴们受到邀请，见识到了云之国高度发达的文明，深表惊奇。但是他们却被天上人软禁，无法回到地面。更进一步得知，天上人正在密谋一个“诺亚计划”，企图用洪水将为非作歹的人类从地球上抹去……