巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可告人的秘密与阴谋……
本片根据温瑞安同名武侠小说改编。

在恋人（张曼玉）负气嫁给兄长的当晚，欧阳锋（张国荣）黯然离开白陀山，走进沙漠某个小镇，成为一名杀手中介人。他的朋友、风流剑客黄药师（梁家辉）每年都来小镇与他畅饮，酒话里有关白陀山的消息令他忘却往事的念想渐次演变成自欺行为。
黄药师只是表面风流。他迷恋好友“盲武士”（梁朝伟）的妻子桃花（刘嘉玲），后者在丈夫死后，永远地离开了他；而对迷恋他的女人慕容嫣（林青霞），他又不愿兑现曾经随口说出的承诺，这使得慕容嫣迷失于自己的身份中。与欧阳锋构成短暂“买凶杀人”关系的洪七（张学友）、村姑（杨采妮）等人，也都有一段只有他们自己才知、不愿回首的痛苦过往。

霍元甲（李连杰 饰）年少时以稚嫩的霍家拳打败向他挑衅的武人之子赵健后习武信心大增，凭着对武术极高的天分及热情，他的武艺日益精进，成为天津赫赫有名的武师，可是其性情也变得浮躁傲慢，越来越好勇斗狠。得知徒弟被天津另一高手秦爷重创后，霍元甲不问原由闯入秦爷寿宴，威逼其当场签生死状与他比武，虽然最后他取得了胜利，但却因此赔上了母亲及女儿的性命。大错铸成后，痛不欲生的霍元甲神志昏乱远走他方。后得某偏远村落的村民孙婆婆及其失明孙女月慈（孙俪 饰）的悉心照料，霍元甲复原了精神气，也逐渐领悟到了武学的真谛。

杰森（Michael Angarano 饰）是一个疯狂迷恋港台功夫片的美国少年，然而现实中的他却饱受坏孩子的欺负，不敢反抗。偶然机会，节森从某中国古董店得到一根如意金箍棒，借着金箍棒的力量，他竟然回到了几千年前的中国。
此时，邪恶的玉疆战神（邹兆龙 饰）凭借降伏齐天大圣孙悟空（李连杰 饰）的威名篡夺天界，靠武力鱼肉百姓，民不聊生。杰森先后邂逅了嗜酒的游侠鲁彦（成龙 饰）、沉默寡言的默僧（李连杰 饰）以及轻盈美丽的金燕子（刘亦菲 饰）。他们为解救被困的齐天大圣朝着天界进发……

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。