幽暗洞中，白蛇（张喆 配音）苦苦修炼却不得其法，小青见此情景，将发髻上的碧玉簪子取下，令白蛇攥在手中。那一刻，五百年前的记忆瞬间苏醒。五百年前，晚唐君主昏聩庸碌，掌握邪术的国师只手遮天，命令天下百姓捕蛇修法。为了拯救族群，白蛇冒险行刺，结果却遭遇挫败，还失去了记忆。当她再度醒来，发现自己被一个专门捕蛇的村落所救下，而那个胆小却善良的青年许宣（杨天翔 配音）则吸引了白蛇的注意。与此同时，国师派出爪牙四处追寻白蛇的下落，而蛇族更误解白蛇叛逃人类，接二连三派出杀手。
五百年后的一段姻缘，早在这乱世之间便已缔结……

巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可告人的秘密与阴谋……
本片根据温瑞安同名武侠小说改编。

上一集与胡巴分别后，天荫（井柏然 饰）带着小岚（白百何 饰）踏上寻父之路，在义薄云天的天师堂堂主云大哥（杨祐宁 饰）的帮助下，二人得知天荫父亲宋戴天的护妖轨迹；而重回永宁村的胡巴再度被妖王追杀，颠沛流离逃亡时结识大赌徒屠四谷（梁朝伟 饰）和一只妖怪，三人一起过着相依为命的生活，但又因屠四谷欠下的巨额赌债横生诸多波折。与此同时 ，江湖盛传小妖王胡巴的重金悬赏令，妖界大军、天师精英、绿林草莽闻风而动，多方势力为抢夺胡巴在清水镇掀起腥风血雨。千钧一发之际，念子心切的天荫和小岚通过天师堂找到胡巴并一起逃离险境。岂料，一场更大的惊天阴谋尾随而至，伺机而动……