哈利（丹尼尔·雷德克里夫）即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星（加里·奥德曼）越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。
新来的魔法老师卢平（大卫·休里斯）有着桀骜不驯的个性，与哈利关系很好，教了哈利许多实用的黑魔法防御知识。而此时在他的魔法地图上却出现了一个神秘人物，虫尾巴。偶然的机会下，在尖叫棚屋里集齐了哈利父亲当年的所有好友，卢平、虫尾巴、小天狼星，哈利的魔杖直指向小天狼星，但他发现那罪犯看他的眼神里充满了疼爱……

哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。
哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。
哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。

逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。
噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。
究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……