所有活着的人类，都是海里一条巨大的鱼；出生的时候他们从海的此岸出发。他们的生命就像横越大海，有时相遇，有时分开……死的时候，他们便到了岸，各去各的世界。
四十五亿年前，这个星球上，只有一片汪洋大海，和一群古老的大鱼。在与人类世界平行的空间里，生活着一个规规矩矩、遵守秩序的族群，他们为神工作，掌管世界万物运行规律，也掌管人类的灵魂。他们的天空与人类世界的大海相连。他们既不是神，也不是人，他们是“其他人”。
十六岁生日那天，居住在“神之围楼”里的一个名叫椿（季冠霖 配音）的女孩变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。为了报恩，为了让人类男孩复活，她需要在自己的世界里，历经种种困难与阻碍，帮助死后男孩的灵魂——一条拇指那么大的小鱼，成长为一条比鲸更巨大的鱼并回归大海。

巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可告人的秘密与阴谋……
本片根据温瑞安同名武侠小说改编。